50. My first journal club presentation

1:15:22
 
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記念すべき第50回は、酵母のストレス環境におけるタンパク質の翻訳制御に関する原著論文を紹介しました。

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  • Cells alter their tRNA abundance to selectively regulate protein synthesis during stress conditions. Torrent et al., Science Signaling (2018)…今回のエピソードで紹介した論文。フリーのオンラインアクセスがあります。
  • コドン (Wikipedia) … コドンについてはep7ep37(入門編)でも話しています!
  • tRNA (Wikipedia)
  • RT-qPCR (Wikipedia) … 本論文でtRNAの定量に使われた手法。
  • グルタチオン(Wikipedia) … グルタミン酸、システイン、グリシンから構成されるトリペプチド。ストレス環境での生育に重要な物質で、リボソームを介さない系で合成される。
  • tRNAの修飾 … tRNAは複数箇所に修飾を受ける。リンク先のFigure 4ではYeast tRNAの修飾箇所が示されている。
  • Codon Adaptation Index(CAI) … 最も良く使用されるコドンユセージ解析の指標。雑に説明するとあるたんぱく質の配列が与えられた際、高発現たんぱくが使用しているコドンと比較することでその発現量を予測するのに使用されたりする。
  • tRNA Adaptation Index(tAI)… 上記CAIから着想を得て開発された指標。あるたんぱく質が与えられた際に、その配列がどの程度細胞内のtRNAプール適応しているかを計算する。実際のtRNAの数を数えるのは難しい場合が多いのでゲノム中にコードされたtRNAのコピー数と相関があるという仮定から類推されたりする。
  • Gene Ontology(GO) … 生物学的概念を共通の語録で記述するためのプロジェクト。雑に説明すると「みんな好き勝手に説明しないで、同じ言葉使って遺伝子の説明しようよ!」。
  • GO slim … 上記GOの縮小版。これまた雑に説明すると本家GOの階層が深くて複雑なので、ある遺伝子集団のざっくりとした傾向をつかみたいときなどに便利。
  • クローバーリーフ構造 … tRNAの二次構造は3つの腕を持つクローバーリーフ構造を取る。(三次元ではL字型になる)
  • ミトコンドリアtRNA … tRNAの二次構造は上記のクローバーリーフ構造で示されるが、ミトコンドリアtRNAはその腕が一本ないし2本無かったりする場合がある。

Editorial notes

  • コドン、たんぱく質の翻訳効率、翻訳リソース関係の話は好きなのでまた機会があったら!(coela)
  • coelaさんを先輩として一年間は尊敬し続けられるようでよかったです。非常に素晴らしかったです。またTMK先輩にやさしくしてあげてというお便りをたくさんいただいておりますので、これからはTMK先輩がより輝けるポッドキャストを目指していきたいと思います。なお、私の大学同期はポッドキャスト上のTMK先輩は日本酒の大吟醸、いうなれば獺祭の二割三分のようなものだと発言しておりました。その発言の真意はわかりません。(tadasu)
  • 次回、Coelaによる奇跡の論文紹介は収録100回目でしょう! (soh)

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