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Researchat.fmは、バイオロジーの研究者3人がアツいと感じていることを自由に話すポッドキャスト番組です。
べこと旦那がゆるく話すべころもちチャンネル
????????????????????????????????Podcast?????https://karajishi.github.io/
PinkyトミーのPodCast
【初見でも大丈夫！ ポイントを押さえて漫画を紹介】本屋さんやコンビニ、色んな所で見かける、あんなマンガこんなマンガ、時にはマイナーなマンガを紹介する番組です。漫画を知らなくてもわかるように噛み砕いて紹介しています。この番組をきっかけに漫画を読み始めませんか？
インターネットなし生活のその後、IKEAの家具の組み立てとデザイン、F1マシンの開発と観戦の醍醐味について、また一人で話しました。 Show notes GlocalMe eSIM Logic Pro Lame…Sohはいつも編集したWAVファイルをlame -b 96 -h --resample 44.1 -q 2 --cbr -m m --noreplaygain ep.wav ep.mp3でmp3にエンコードしています。 MUJI Online Canada Save-on-foods IKEA クロネコヤマト海外引越 YouTube Music Change your Google Play country DoorDash ホンダパワーユニット Max Verstappen 燃えさ…
インターネット契約の困難さについてまた一人で話しました。 Show notes AT&T Prepaid Sim Card for USA Canada 10 Days Preload 22 GB Data (Amazon.ca) Noise Reduction (Audacity) Truncate Silence (Audacity) なぜコンプをかけるのか - コンプレッサーの基礎知識 水曜どうでしょうClassic Canadian Style 陽だまりインタビュー…どうでしょう班のガイドをした熊谷芳江さんのインタビューがあった。 Sweet River Enterprises…95年からユーコンに住んでいるそうです。これは熊谷芳江さんがやっているツアー会社。 Ediorial no…
カナダ・バンクーバーでの生活の始まり、2週間の自主隔離、家探しの難しさなどについて一人で話しました。 Show notes Podcasting Guide 2017 Tatsuhiko Miyagawa’s Blog IRCC ArriveCAN Google Nest Wifi FIDO Vancouver Craigslist Zumber Ediorial notes インターネットが早くほしいです (soh)researchat による
2020年の振り返りと2021年の展望について話しました。 Show notes 2020年 Researchat.fm 関連論文まとめ Researchat.fm Ep57: All papers are created equal … “科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました。” Researchat.fm Ep66: Weaving a web of ideas … “アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。” Researchat.fm Ep65: Lateral Thinking in Biotechnology … “バイオテクノロジーと枯れた技術の水平思考、ピタゴラス…
先日開催されたResearchatLT vol.1について大晦日に集まり、あれこれ振り返りました。 Show notes Researchat.fm Lightning Talk Vol.01…LTの開催概要や要旨などはここからすべて公開しています。 ResearchatfmのYouTubeチャネル…当日の様子はここから見れます。 スパニッシュオムレツのまとめ (Researchat.fm Blog) Ediorial notes LT楽しかったです。またしたいです。(tadasu) 改めてResearchatLTで発表・ご視聴頂きました皆様、ありがとうございました！ (coela) みなさん、良いお年を！紅白は二階堂ふみちゃんのステラマッカトニーの衣装がとてもよかったです。(soh)…
お遍路の話を取る予定でしたが、間に合わなかったのでそのうちアップします。 Show notes そのうち収録してアップします。 Ediorial notes このエピソードが公開される日を楽しみにしていてください。 (tadasu) 88にちなんでお遍路回だそうです (soh)researchat による
キャリアの変遷、ゲンロン戦記の紹介、配信の尺の長さ、ポッドキャストというメディア、雑談の正体、アンチパターンについて話しました。 Show notes Bioinformatics (Wikipedia) Manolis Kellis (MIT) ENCODEプロジェクトやその歴史については、エピソード71で話しました。 Broad Institute NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium パターン認識と機械学習 (Amazon) ChIP-Seq (Wikipedia) Chromosome conformation capture (3C) (Wikipedia) 餓狼伝(Amazon) … 板垣恵介先生の漫画版 餓狼伝(Amazon) ……
バクテリアで35年前に発見されたレトロンと呼ばれる謎の因子の機能に大胆に迫った論文を読みました。 Show notes Bacterial Retrons Function In Anti-Phage Defense. Millman et al Cell 2020…これが今回紹介するレトロンの論文です。 細菌の逆転写酵素およびmsDNAの構造と機能 (日本細菌学雑誌, pdf)…日本語で読めるレトロンの機能などに関する総説論文。 逆転写酵素 (Wikipedia) Genomically encoded analog memory with precise in vivo DNA writing in living cell populations. Science 2014…この論文で初…
格ゲー初心者脱出のために取り組んだことを話しました。 Show notes ストリートファイターV … ストリートファイターシリーズで現状最新作のナンバリングタイトル。今年で稼働５年目。 EVO Japan 2020 CPT … CAPCOM Pro Tour。１年のツアーを通じて最強のストVプレイヤーを決定する（正確にはツアー > トーナメントの順）。今年はオンライン開催で大会も少ないので入門に最適です！ sako選手 … FAVゲーミング所属のプロゲーマー。coelaは大ファン。sako選手のTwitchチャンネル akikiさん … sakoさんの奥さん兼マネージャー。 かりん … 中平正彦先生の漫画「さくらがんばる！」に登場したさくらのライバルキャラクター。ストリートファイターZER…
学生時代に熱中したゲームの話をしました。 Show notes Researchat過去の格闘ゲーム回 … Ep3、Ep34、Ep53(ちょっとだけ)、Ep64(ちょっとだけ） アーケードコントローラー … 通称アケコン。PlayStationやSwitchなどのデフォルトコントローラーとは異なり、レバーとボタンを入力装置とする。 雛形書庫 … Researchat.fmのep53を聴いてパッド勢に切り替わったとのこと。 King of Fightersシリーズ … SNKの格闘ゲーム。シリーズによって若干異なるが、基本的に 3 on 3で対戦するのが特徴。coelaはKOF98を最も遊んだ。 ゲーメスト … 当時あったゲーム雑誌（月刊誌）。 アルカディア … 当時あったゲーム雑誌。ゲーメス…
ペア実験、実験プロトコルと動画、キリのいい数字、人工と天然、書き出し文、オススメされた漫画を読んでいない問題について話しました。 Show notes Researchat.fm ep75…“「この分野は専門外なのですが」「この分野は初心者なのですが」等から始まる研究者のはなし方について思うことを言い合いました。 “ Researchat.fmのTwitterアカウント…#researchatfm をつけてつぶやいていただけると対応しやすいです。 Researchat.fmのお便りフォーム…こちらのお便りフォームからもお便りを出していただけます。 Researchat.fm ep82 ペアプログラミングに関するコメント (Twitter)…ep82に関していただいたペアプログラミングに関する…
問題発見と解決のための二分探索の方法、最近買ったソフトウェア、漫画について話しました。 Shownotes Rui Ueyama – 自作コンパイラでPythonのtest_utf8_modeテストが通るようにする (Youtube)…二分探索を利用して自作コンパイラにあるバグを修正するライブコーディング。必見。 test_utf8_mode.py (Github) Rui Ueyama – chibiccのコード紹介 (Youtube) chibicc: A Small C Compiler Turing Complete FM…Ruiさんによるポッドキャスト番組。 Bisection method (Wikipedia) GNU Emacs Misreading Chat - CSの論文…
カナダの就労ビザ取得あれこれ、海外旅行に行きたい、オフラインとオンラインミーティングの良さ、買いたいゲームなどについて話しました。 Show notes IRCC (Immigration, Refugees and Citizenship Canada) 在日カナダ大使館 ファイザーとBioNTech、COVID-19ワクチン候補の国際共同第3相臨床試験ですべての主要な有効性評価項目を達成 天穂のサクナヒメ (ゲーム) ギルティギア (ゲーム) アニメ 鬼滅の刃 (Netflix) 歴代興収ベスト100 興行通信社 シン・エヴァンゲリオン劇場版 Editorial notes さて、今回の収録ではたまきさんが音源の保存に失敗するというミスを起こしたため、アフレコ+鬼編集であたかも会話してい…
pomeさんをゲストに迎え、TALEN・UCART治療・シングルセル解析・核酸医薬・DNA合成に関する技術と関連のバイオテック企業の動向について話を伺いました。 Shownotes Researchat.fm ep79…pomeさんゲスト回前編はこちらです。 TALEN…詳しくはResearchat.fm ep76 Cellectis … Swedenではなく、Franceの企業だったようです。(BB氏訂正ありがとうございました。) CAR-T UCART…Universal Chimeric Antigen Receptor T-cells。”Off-the-shelf”ってかっこいいですね。 T細胞 (Wikipedia) HLA (Wikipedia) NK細胞 (Wikipedia)…
pomeさんをゲストに迎え、ボストン界隈を中心としたCRISPR関連のバイオスタートアップについて話を伺いました。 Show notes Top CRISPR Startup Companies Changing the Future of Biotech and Medicine … CRISPR関連スタートアップまとめ Researchat.fm, ep76 … ゲノム編集特集回 Researchat.fm, ep77 … ゲノム編集特集回 Researchat.fm, ep2 … CRISPR特集回 Researchat.fm, ep77 Researchat.fm, ep47 … SHERLOCKについて話しました。 Boston MIT … マサチューセッツ工科大学。Kendall…
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78. You can(not) do science in one country
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shiotaさんをゲストに迎え、カナダ、アメリカ、フランスの三ヶ国における留学体験(学部-博士-ポスドク)についてお聞きしました。 Show notes Shiotaさん 希少癌NUT Carcinoma発症メカニズムとは、新規治療法発見を目指す … Shiotaさんが特集された記事。途中から有料です。 Massachusetts General Hospital: MGH Brigham and Women’s Hospital オタワ大学留学生用コース … English Intensive Program ESL (English as a second language) カンザス州 オズの魔法使い カンザスシティロイヤルズ コミュニティカレッジ カンザス大学 OPT: Option…
dessanをゲストに迎え、CRISPRの仕組みを利用した様々な技術や遺伝子回路、これからの発展について話しました。 Show notes The Nobel Prize in Chemistry 2020…The Nobel Prize in Chemistry 2020 was awarded jointly to Emmanuelle Charpentier and Jennifer A. Doudna “for the development of a method for genome editing.” Scientifc Background on the Nobel Prize in Chemistry 2020 A TOOL FOR GENOME EDITING…ノーベル財…
dessanをゲストに迎え、CRISPR–Cas9やTALENなどのゲノム編集技術とその背後にある遺伝学について話しました。 Show notes The Nobel Prize in Chemistry 2020…The Nobel Prize in Chemistry 2020 was awarded jointly to Emmanuelle Charpentier and Jennifer A. Doudna “for the development of a method for genome editing.” Scientifc Background on the Nobel Prize in Chemistry 2020 A TOOL FOR GENOME EDITING…ノ…
「この分野は専門外なのですが」、「この分野は初心者なのですが」等から始まる研究者のはなし方について思うことを言い合いました。 Show notes Researchat.fm @Amazon music … Researchat.fmがamazon musicで聴くことができるようになりました。ご登録よろしくお願いします。 料理のステップと人気度に関するツイート … @kenkawakenkenke さんのツイートを引用させていただきました。これを実験に置き換えたら結構良さそう コーヒーの科学 Pokemon GOとガチ勢の定義 ポトフさん … 日本ポッドキャスト産みの親の一人。日本のポッドファーザー。実はTwitterも日本人では十数人目に始めたらしい。たくさんのポッドキャスト番組をやって…
ナノレベルの分子構造をDNAシーケンシングから再構成する「DNA Nanoscope」と呼ばれる技術について、原著論文と分野の周辺を紹介しました。 Show notes A DNA nanoscope that identifies and precisely localizes over a hundred unique molecular features with nanometer accuracy. (BioRxiv 2020)…今回Sohが紹介する論文はこれ。 研エンの仲…“研究者とエンジニアのカップルが、様々な話題について時にゆるく時に白熱した議論をするPodcast” 論理回路 (Wikipedia) Peng Yen Toehold switch (Wyss Institu…
染色体分配時におけるKi-67の機能性に関する論文を紹介しました。 Show notes 周期ゼミ Periodical cicadas … 全米における周期ゼミの分布について 論文の縦読み … 同じオーサーの論文を時間軸で読む、論文の縦読みについてはresearchat.fmのep57にて説明しました。 Cuylen-Haering et al., Nature (2020) … “Chromosome clustering by Ki-67 excludes cytoplasm during nuclear assembly” Gerlich et al. Cell (2003) … “Global Chromosome Positions Are Transmitted through…
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72. The Hitchhiker's Guide to the Enzyme Galaxy
1:15:37
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NEB社の巨大な製品カタログの楽しみ方、多様な制限酵素の世界とその巧妙な仕組みについて話しました。 第123回 ポッドキャストで語るサイエンスとその魅力(実験医学) NEB…日本語のNEBウェブサイト。NEBはNew England BioLabsの略でした(BioScienceではありませんでした。)大変申し訳ございませんでした。 NEB Literature Portal…カタログのまとめページ。 NEB Catalog & Technical Reference…これがNEBが誇る400ページ超のカタログ！ Eric Lander (Wikipedia) DNA Structure and Classic experiments (Youtube)…Eric Landerの超おすすめな…
ENCODEプロジェクトにおけるサイレンサー探索の論文紹介と現代生物学の複雑性と多様性について話しました。 Shownotes ENCODE…ENCODEとはEncyclopedia of DNA Elementsの略！ ENCODE (Wikipedia) ヒトゲノムの機能解明に向けたENCODEの試み (pdf) Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001…ヒトゲノム解読の論文。 The Sequence of the Human Genome. Science 2001…ヒトゲノム解読の論文。 ENCODE 4…ENCODEのPhase 4についてはここにaimなどが書いてある。 ENCODE3勉強会…
現存する伝説の武器について話しました。 Shownotes 前回の武器回 researchat.fm ep30 Battle Aura 草薙剣 … 別名天叢雲剣 三種の神器 … 八咫鏡、草薙剣、八尺瓊勾玉。三種の神器といえばKOFを思い出しますね。 一向一揆 THE CELL … 分子生物学における代表的な鈍器の一つ 放射性炭素年代測定 … C14の存在比率で年代測定をする手法 空海 熱田神宮 … 草薙剣の実物が祀られている 三種の神器と贈与税 … 非課税 壇ノ浦の戦い … 草薙剣の形代が一度失われた 聖骸布 古事記 千と千尋の神隠し ポールアレン 十握剣 … 日本神話に出てくる剣。特定の剣を指す言葉ではなく、10束の長さの剣の総称。 天之尾羽張剣 … イザナギが使用した十握剣。カグツチを斬…
kyonさんをゲストに迎え、実験道具のこだわりと誤差、おすすめの餃子、無水料理や料理の楽しみなどについて話しました。 Shownotes ピペットマン 知らないの？とバカにされないための正しいピペッティング操作とテクニック … フォワード法だけではなくリバース法も使っていこうぜ！ Gilson Eppendolf レイニン Liquidator 96 Gilson プレートマスター Oリング ピペットチップ LoBindチューブ パラフィルムの上でやる パラフィルムの上でやる2 … Hiroko Bannai先生のツイートを引用させていただきました。 自家蛍光 96穴ガラスプレート MatTek IWAKI Matsunami ピンセットを研ぐ 鍛冶師・憑二斉 … ブラックジャックの研ぎ師 …
kyonさんをゲストに迎え、自作のモノクローナル抗体をつくるプロトコルとその魅力について教えてもらいました。 Shownotes 抗体 (antibody)…免疫グロブリンの総称。参考ページ:抗体とは (MBLのwebページ)、抗体とは？ (中外製薬webページ) 抗体ガイド 4. ポリクローナル抗体とモノクローナル抗体 (abcamのwebページ) モノクローナル抗体の作り方 (中外製薬webページ) 重鎖・短鎖…抗体を構成する部位。参考ページ: Sigmaのwebページ エピトープ…抗体の抗原認識部位 免疫染色…抗体を用いて目的のタンパク質のみを染めることで可視化する手法。最も一般的なのは蛍光でラベルする蛍光免疫染色 (Immunofluorescence staining) ELISA…
kyonさんをゲストに迎え、自粛期間中の実験動物の飼育、コーヒーの楽しみ方、ツーリングや海底トンネル工事の魅力などについて好き勝手に話しました。 Shownotes ゲストのKyonちゃんが最初に登場したのは、エピソード14とエピソード15でした。PIWI-piRNAについては、ep14にてお話ししています。 ハムスター (Wikipedia)…kyonは研究にゴールデンハムスターを使っている クローズドコロニー…個体間の遺伝的な性質にばらつきを残しつつ、集団としては特定の遺伝的形質を示すように維持されている系統のこと。 近交系…個体間の遺伝的差異をできるだけ少なくなるように維持された系統。実験動物（マウス）は基本的に近交系 ショウジョウバエの植え継ぎ…ジエチルエーテルで麻酔をかけたあとに新…
アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。 Shownotes MOLESKIN … みんな大好きなMOLESKINのノート MOLESKIN クラシック ハード 方眼 ラージ (Amazon) … これの色違いを使っています。もらい物ですが…ただ万年筆との相性は悪い。(tadasu) 宮崎駿さんとMOLESKIN (Twitter) … @machizo3000 さんのツイートを引用させていただきました。 石井裕 (Wikipedia) … Twitter @ishii_mit Hideshi Hamaguchi (Wikipedia) … Twitter @hideshione Rollbahnのノート (Amazon) … …
バイオテクノロジーと枯れた技術の水平思考、ピタゴラスイッチ、507 Mechanical Movementsについて話しました。 Shownotes 任天堂 (公式サイト) … 任天堂 横井軍平 (Wikipedia) 宮本茂 (Wikipedia) 岩田聡 (Wikipedia) 桜井政博 (Wikipedia) 田尻智 (Wikipedia) 横井軍平ゲーム館 (Amazon) … 横井軍平さんが作ったおもちゃとゲームに対する考えを一通り学ぶことができる。 山内溥 (Wikipedia) … 3代目任天堂社長 ゲーム&ウォッチ (Wikipedia) ウルトラハンド (Wikipedia) ラブテスター (Wikipedia) 枯れた技術の水平思考 … 今回のエピソードでは、枯れた技術に…
エンタメの旬、オンライン指導、おすすめの漫画紹介(大盛)、受動的・能動的情報摂取、ポッドキャストのプレイリストについて話しました。 Shownotes バーチャファイター2 (Wikipedia) ストリートファイターII (Wikipedia) 梅原大吾 (Wikipedia) FPS (Wikipedia) VALORANT ゲームブック (Wikipedia) 円城塔 (Wikipedia) にゃんたんのゲームブック TRPG (Wikipedia) 遊☆戯☆王 (Amazon) Street Fighter V (Amazon) 鉄拳7 (Amazon) Mortal Combat 11 (Amazon) グラブルファンタジーヴァーサス (Amazon) Twitch Mildom …
改良型のCRISPR–Cas9によるゲノム編集ツールAFIDと変異パターンの予測について原著論文を紹介しました。 Shownotes Precise, predictable multi-nucleotide deletions in rice and wheat using APOBEC–Cas9, Nature Biotechnology 2020…今回はこの論文を紹介しました。APOBEC–Cas9 fusion-induced deletion systems (AFIDs)と呼ばれるゲノム編集技術です。 Non-homologous end joining (NMEJ)…Cas9で誘導される二本鎖DNA切断が修復される仕組みの一つ。 Researchat.fmで話した過去のCas9…
英単語の不規則な複数形とグラフィティについて話しました。 Shownotes Joe Rogan … マッチョな徹子の部屋、ことJoe Roganのポッドキャスト タコが鷲を食べようとしている動画 … 鷹ではなく鷲でした 単複同形 … 単複両形ではなく単複同形です。恥ずかしい。 ラテン語起源の変化、ギリシャ語起源の変化 us -> i … nucleus -> nuclei, radius -> radii, stimulus -> stimuli, focus -> foci, fungas -> fungi, alumnus -> alumni, syllabus -> syllabi a -> ae … alga -> algae, larva -> larvae um -> a … …
バターコーヒーの自作、ゲーム実況の面白さと視聴コンテンツを探す労力問題、おすすめのYoutubeやアニメについて話しました。 Shownotes Bullet Proof Coffee (バターコーヒー, 完全無欠コーヒー) シリコンバレー式 自分を変える最強の食事…この本がバターコーヒーの元ネタ。一時期話題になっていた。バターコーヒーでは痩せない(tadasu談 n=1) tadasuのバターコーヒーの作り方: コーヒー:250-500ml + グラスフェド無塩バター:15g + MCT oil: 15ml -> ミキサーでドン！！！ グラスフェド無塩バター…日本は無塩バターが高いな…さすがに…しかもこれがいいのかはわかりません… MCTオイル (Amazon)…これも日本だと高いですね……
動物の体外で培養された細胞により作られた培養肉、さらに植物性の代替肉や代替卵について話しました。 Shownotes Choudhury et al., Trends in Biotechnology (2020) … 最新のCultured meat(培養肉)界隈について How it’s made: Cultivated Meat … 上記論文を書いた著者のblog。Cultured meatについての全ての情報が書かれている。必読。 Sayamaさん(@Sayamabio)のtweet … いつも素晴らしいBiotechnology関連の情報をくださるsayamaさんのツイッターで上記の論文とblogの情報を知りました。ありがとうございます。 Cultured Meat Company…
RNA分子の空間的な近接性を計測するRIC-seqという手法について、原著論文を紹介しました。 Shownotes RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions. Nature 2020…今回紹介したRIC-seqの原著論文へのリンク。 核酸の二次構造 (Wikipedia) RNA結合タンパク質 MBLライフサイエンス ノンコーディングRNA動態解明の最前線 (pdf) Micrococcal Nuclease, NMase (NEB) Ep16, Researchat.fm…エピソード16では分子の近接性から空間構造を再構成するさまざまな方法について解説しています。 Comprehensive M…
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58. Standing on the shoulders of Beasts
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第二回異世界分子生物学会の周辺について話しました。 Show notes 第2回異世界分子生物学会(本) … 感想は #異世界分子生物学会 でよろしくお願いします。 第2回異世界分子生物学会(電子) 第1回異世界分子生物学会(本) 第1回異世界分子生物学会(電子) 日本分子生物学会 怪獣生物学入門 … 理研 倉谷滋先生が描く、怪獣デザインとは何か。SF作品に登場する架空の生物のリアリティーについて第一線の発生生物学者が解説する。これこそ異世界発生生物学会といえる。 researchat.fm ep38 … dessanといろいろ語った回。dessanが異世界分子生物学会に投稿した作品についてはこのエピソードで話されています。 思弁的実在論 Christian de Duve 進化の特異事象 …
科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました。 Shownotes Nature Review Cancer…Natureが出版しているレビュー誌の一つで、がん研究に関連する論文を取り扱う。 Nature Review Genetics…Natureが出版しているレビュー誌の一つ、遺伝学に関連する論文を取り扱う。 Boston Chromatin Club Blog Karl Deisseroth (Wikipedia)…光遺伝学の開祖 DNA microscopy, researchat.fm…これについては、エピソード16で解説しています。 物体にデータをエンコードできる「モノのDNA」の時代が、小さなウサギのフィギュアから始まった (WIRED…
クモについて詳しいゲストを迎え、フリーハンドで丸と直線を描くトレーニング、メールで進むかまいたちの夜、自作PC、論文管理の難しさ、趣味としてのポッドキャスト、コーディング環境とWet/Dryのデータ管理について話しました。 Show notes Readable Lab NotebookのTipsを集めたいので、ご協力いただける方はtwitterにつぶやいていただくか(我々が検索可能な形であればうれしいです)、お便りコーナーから連絡いただけると助かります。そのうちまた紹介したいと思います。 幻影旅団 HUNTER×HUNTER (Amazon) フリーハンドで丸と直線を書く…デザイナーの山中俊治さんによると、「今でもスケッチを描く前には、初心に返って、一枚の紙を楕円で埋めつくすことから始めま…
クモに詳しいゲストをお呼びして、クモについて話しました。 Show notes Albert-László Barabási … scale-free networkで知られるネットワーク科学研究者 Uri Alon … システム生物学の研究者。 Uri Alonによるシステム生物学の授業 (YouTube) … 以前から更新されているUri Alonによるシステム生物学の授業。授業の中でリラックスのために深呼吸を促すこともある。 システム生物学入門 (Amazon) … Uri Alonによるシステム生物学に関する入門教科書。 ネットワーク科学: ひと・もの・ことの関係性をデータから解き明かす新しいアプローチ (Amazon) … Barabásiらによるネットワーク科学の教科書 クラスタ…
RNA分子の局在を一斉に捉えるイメージング技術とそれをささえる巧妙な方法について原著論文を解説しました。 Show notes elmo囲い 電王戦 Single-cell in situ RNA profiling by sequential hybridization. Lubeck et al Nature Methods 2014…CaiらによるSeqFISHのオリジナル論文。無料で読めます。 Ep16. Beyond imaging (Researchat.fm)…エピソード16回ではイメージングせずに位置情報を再構成するDNA Microscopyについて解説しています。 WHAT IS SEQFISH?…CaiらによるSeqFISH技術紹介のページ。とてもわかり易いです。 Sp…
仕事タスクを最適化できない問題、ロードマップと攻略、門戸の広げ方、教科書の読み方とウェブ授業、DeepLの使用感について話しました。 Show notes 梅原大吾 ゲームパッド ファイティングエッジ刃 … プロゲーマーsakoさんが開発に関わり、大会でも使用しているアーケードコントローラー。最近coelaも買いました。 Hit Box … ボタンしかないアーケードコントローラー（レバー操作もボタンで行う）。プロゲーマーの梅原大吾選手も大会で使用している。 vim … テキストエディタ emacs … テキストエディタ Yeti Blue … researchatメンバーが収録につかっているマイク WEB DEVELOPER ROADMAP 2020 … Webデベロッパに必要な知識・技術の…
ゲストにkotoneさんを招き、ディープラーニング、機械学習とそのアルゴリズムや計算用マシンについて話しました。 Show notes 機械学習 (Wikipedia) ディープラーニング(深層学習) (Wikipedia) ニューラルネットワーク (Wikipedia) パーセプトロン (Wikipedia) GPU (Wikipedia) ディープラーニング入門 Chainer チュートリアル 株式会社 Preferred Networks Chainer NVIDIA CUDA-X GPU-Accelerated Libraries for AI and HPC Preferred Networks、1024個のGPUでディープラーニングの世界最高速を実現と発表 NARUTO -ナルト…
PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)の原理について基礎から話しました。dessanをゲストに迎えました。 Show notes PCR(ポリメラーゼ連鎖反応) … 特定のDNAサンプルから目的のDNA配列を増幅させる方法。分子生物学における最も基本的な実験の一つ。 DNA(デオキシリボ核酸) … 地球上の生命体の遺伝情報を司る高分子化学物質。いわゆるDNA。 水素結合 … 水素間で起きる非共有結合性の相互作用。2本のDNA鎖が反平行に配向し二重らせん構造を形成する際、A-T,G-Cの間は水素結合によって結ばれる。A-Tは2個、G-Cは3個の水素結合によって結ばれるため、結合の強度が異なる。共有結合やイオン結合と比べて弱く、ファンデルワールス力よりは強い。 DNAポリメラーゼ … DNAを複製するた…
記念すべき第50回は、酵母のストレス環境におけるタンパク質の翻訳制御に関する原著論文を紹介しました。 Show notes Cells alter their tRNA abundance to selectively regulate protein synthesis during stress conditions. Torrent et al., Science Signaling (2018)…今回のエピソードで紹介した論文。フリーのオンラインアクセスがあります。 コドン (Wikipedia) … コドンについてはep7とep37(入門編)でも話しています！ tRNA (Wikipedia) RT-qPCR (Wikipedia) … 本論文でtRNAの定量に使われた手法。 グル…
「わたしは人類」と「柿ゲノム」の共通項を無理やり探しました。 Show notes 死がふたりを分かつまで やくしまるえつこ わたしは人類 (YouTube) やくしまるえつこさんによる「わたしは人類」の解説 … やくしまるえつこさんによるわたしは人類の解説。ぜひ読んでいただきたい。 やくしまるえつこさんによる「わたしは人類(I’m Humanity)」の解説 … シアノバクテリアと塩基の情報があります。 Ohno and Ohno. Immunogenetics (1986) … 大野夫妻によるDNA music論文のオリジナル Susumu Ohno, DNA Music (YouTube) 空間知覚拡張のための“聞こえる化”デバイスの開発 … 未踏2015にて発表された「聞こえる化」の…
レベルEのサキ王女編からスタートし、アメフラシ、ボネリムシ 、半倍数性、ヴォルバキアによる破壊、ゾウリムシ、カモノハシ、オスの三毛猫など、真核生物における多様な性決定システムと性染色体について話しました。 Show notes レベルE … 冨樫義博先生の怪作。生物SF満載。マクバク族サキ王女編について言及。 SRY(sex-determining region Y) … 一部の哺乳類において性決定に重要な遺伝子。 Koopman et al. Nature (1991) … SRYをメスのマウスのembryoにおいて発現させてオス化させた論文。 heterogamety …異型配偶子性。XYやZWのような性染色体がヘテロな状態の配偶子をさす。 homogamety … 同型配偶子性。XXや…
新型コロナウィルスの広がりで注目を集めているCas13を用いた簡便かつ高感度な核酸検出法、SHERLOCKという技術について原著論文を紹介しました。 Show notes Specific High-sensitivity Enzymatic Reporter unLOCKing…これがSHERLOCKの略！ Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2. Science 2017.…SHERLOCKのオリジナル論文。Cas13のもつ無差別なRNA分解活性 (collateral activity)と蛍光プローブを利用することで、ウィルスなど様々な核酸分子の検出を簡便に行う技術の扉を開いた。無料で論文の全文が読めます。 Multiplexed …
昔はPCRオイルというものがあったらしいというお便りから、自作試薬やプロトコル、培養細胞と人権、おすすめ映画について話しました。 Show notes PCR増幅法 (Wikipedia) サーマルサイクラー概要—歴史と発展 … ThermoFisherのPCR概要。オイル、加熱蓋（head lid）について言及あり。 Researchat.fm episode 24…PCRの発明者、Karry Mullisを追悼して、初期プロトコルからPCRを用いた特殊実験について話しています。興味があればぜひ。 Gel purification…切り出したゲルをフィルターペーパーの上に乗せて遠心するとDNA抽出できるらしい… Gibson Assembly Qiagen Buffers…Quiagenの…
ワンボタンラブ、親指シフト、煽り文化、鬼瓦とシルクロード、バトル・ロワイアルのオレ設定、江戸時代の厨二病、ATGC殺人事件、イルカとセンジュナマコ、キリンと染色体、Web漫画カレンダー、学会の質疑応答について話しました。 Show notes ワンボタン河野太郎 親指シフト Kinesis Keyboard T-Code 第二回おじリーグ BLAST ビーフ 公開処刑 鬼瓦 火の鳥鳳凰編 ゴルゴネイオン ゴルゴーン … ステンノー、エウリュアレー、メドゥーサのゴルゴン三姉妹。 パルミラ 鬼師 … 医師、弁護士、鬼師 バトル・ロワイアル 中二病と厨二病 へうげもの 森博嗣 Vシリーズ … 森博嗣のミステリーシリーズ。[Kindle] エルキュール・ポワロ … 言わずとしれた名探偵。オリエント急…
1800年代後半、Natureに投稿した日本人研究者(杉浦重剛、小藤文次郎、関谷清景、伊藤篤太郎、南方熊楠)について話しました。 Show notes Nature: Aphorisms by Goethe. Huxley, Nature (1869) … 1869/11/04に出版された記念するべきNature第1号の最初の記事(論文)。Thomas Huxleyがゲーテの言葉をドイツ語から英語に訳した。”Nature! We are surrounded and embraced by her—unable to step out of her and unable to penetrate her more deeply.”から始まる。この言葉が本当にゲーテのものだったかについては議論…
