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#59 Minds Meet Weeds - Part 1
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Salk Institute のEckerラボ で宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録)
Show Notes (番組HP):
- 登さんHP
- NRのトランスクリプトーム回 EP4 EP5
- Eckerラボ
- オンライントーク その１ その２ その３ (おすすめby登)
- 津田ラボ（現華中農業大学大学）
- 津田先生
- 放射線植物生理学研究室
- セシウム蓄積に関する研究 その１ その２ その３
- フランス政府の給費留学
- 留学したフランス原子力庁のラボ
- Max-Planck Institute for Plant Breeding Research
- Köln (Cologne)
- ケルシュ
- PhD時代の植物-微生物相互作用三部作その１：植物免疫による微生物への影響、RNA版
- 登さんによる植物の免疫系に関するレビュー その1 その2
- IlluminaのRibo-Zero (ディスコン：植物用のものが製造終了)
- 根腐病
- PhD三部作その２：Multi-omics版
- PhD三部作その３：異なる微生物への植物の応答と、微生物への影響の違い
- 野性のシロイヌナズナから単離した微生物のコレクション
- 植物と動物のマイクロバイオーム
- 鉄（栄養）を使った免疫
- 葉っぱは疎
- 細胞壁
- III型分泌装置
- 植物の共生
- EMBOの新米PI用ワークショップ
- Eckerラボからマウス脳でsingle nucleusメチローム、Science 2017
- ポスドク応募時に書いたメールについて
- 脳メチローム その１ その２その3 その4 その5 他多数
- UPennでやったエチレン研究 その１ その２ その３ 他多数
- シロイヌナズナ全ゲノム解読論文
- 植物へのMicroarray
- シロイヌナズナのT-DNA変異体ライブラリ、Salk Line
- Eckerキャリアインタビュー（2007年時点）
- ゲノムワイドなメチル化アッセイ in 植物
- In Human
- ENCODEでのJoeのトーク
- Ecker in HHMI
- Ecker in BICCN
- Ecker in BICAN
- プロトプラスト
- Full ProfessorのStudy
- Salk InstituteでのSymphony
- ポスドク三部作その１：Seed-to-seed single nucleus atlas
- ポスドク三部作その２：感染時の植物のMulti-omics + MERFISH
- ポスドク三部作その３：PHYTOMap
- Bing Renラボ
- のBICCN論文
- 転写物分布だけで細胞のセグメンテーション、先行研究
- 植物の細胞セグメンテーション
- vizgen
- MERSCOPE
- SeqFISH
- Long Cai
- BacteriaをターゲットにしたSeqFISH
- STARMap
- Xiao Wang
- Sten LinnarssonではなくMats Nilssonでした！
- HybISS
- Sequence-by-ligation、例えばこれ
- Sequence-by-synthesis
- アムホテリシンB
- Expansion Microscopy + Spatial Transcriptomicsの仕事
- FISSEQ
- Harvard Fellow
- NanoString
- 10x Genomics
- EASI-FISH
- Paul Tillberg
- EEL-FISH
- 各神経の投射をバーコードで標識してSpatial Transcriptomics
- Slide-seq
- Evan Macosko
- Fei Chen
- Slide-Tags
- INSTA-seq
- Je Lee (現Ultivue)
- DBiT-seq
- CUT&Tag
- 開発したRong Fan
- 最近の無双 Spatial ATAC-seq, Spatial CUT & Tag, Spatial CITE-seq
- Pixel-seq
- Stereo-seq
- 最近NanoStringを10xが訴えた
- 登さん新ラボのアナウンスメント from TSL
- Janelia Fluor
- Quantum Dot
Editorial Notes:
- これまでの短いキャリアを振り返って、月並みですが人・環境に恵まれていたなと感じさせられました。宮脇さん萩原さんともそのうちリアルでお会いしたいです。ケルシュ飲みいきましょう！（登）
- 次会えそうな時は感染症に気をつけます！ (脇)
- そういえばNanoString本社の隣に住んでます (萩)
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