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米国シアトル・ボストン在住の神経科学者2人によるポッドキャスト。 最新の研究論文紹介や基礎科学・医学研究に関する(あるいは全く関係しない)雑談、留学情報など。 感想やコメント、質問などはtwitterハッシュタグ #NeuroRadio あるいはinfoあっとneuroradio.tokyoまで。
 
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東大先進科学機構の加藤英明さん(@emeKato)をゲストに、今回のChRmine構造論文やこれまでの仕事の背景、神経科学者が構造生物学について知っておくと良いこと、今後の構造生物学の展開等を伺いました。(2/20収録) Show Notes: 加藤研 加藤さん過去インタビュー 1 2 ChRmineの論文 濡木研 Brian Kobilkaラボ Brianノーベル賞のページ 2012年のNature論文(ChR1とChR2のキメラ、C1C2の構造解析) の新着論文レビュー 服部素之さん タンパク質結晶化の基礎と蒸気拡散法の解説 (pdf注意) 芳賀先生のNature 2012 (註:だいぶ年が間違ってましたね・・・ by 加藤さん) 脂質キュービックフェーズ(LCP)法 (pdf注意) N…
 
アメリカでの運転免許取得、Mini2P、MATLABからPythonへの移行に関する雑談。フラッシュ論文紹介は海馬4重vivoパッチ、BLAドパミンREM睡眠、シータ波と歩くリズムの同期、第三世代Rabies、投射先アストロサイト標識、eVLPについて。(3/19収録) Show notes: COTEN RADIO バイオステーションゲスト回 catch-22 Koch Family Zipcar Tax Return: 確定申告のこと Mini2P論文 Biologyの方 Mini2p自体はNature Methodsに2報くらい 1 2 ノルウェーの会社製の(GRINじゃなくてElectrical Tunable Lens的なやつだった…) ゼロから作るDeep Learning vs…
 
生活立ち上げPart 2、研究所システムの便利なところと融通が利かないところ、意外と良いアメリカの飲み物事情。後半はeLifeでの査読体験と実験医学の『査読の技法』をネタにPeer Reviewのやり方について雑談(2/12収録) Show notes: 雑談編 トーラス論文がパブリッシュ ↑について話したEP2 CRACK論文 ↑について話したEP4 eVLP論文 ネットで空きを探す:基本はZillowでやりました Wise (旧Transferwise):手軽かつ割と良いレートで送金できたりする テイクアウト:米国でもTake Out、一部の地方(含ボストン)ではTo-go。英国ではTakeaway。イートインは for here シンク:アメリカのシンクにはディスポーザル(生ごみ粉砕機…
 
CaltechのDavid Andersonラボのポスドクで、最近Johns Hopkinsの独立ポジションを確保された苅郷友美さん(@TomomiKarigo)にお越しいただき、これまでのキャリア、ビビッドなジョブハントの経験談、直近の論文の裏話などを伺いました(9/5収録) Shote notes: 苅郷さん google scholarページ 岡良隆先生ラボHP David AndersonラボHP 2014年のLee et al. Dayu Lin 2011年の論文 苅郷さんのヒューマンフロンティア 孤独になったら緑色に:Social Isolationでタキキニンが上がる、の論文 苅郷さんのAndersonラボでの論文 Remedios et al. アン・ケネディ NeuroRu…
 
大陸をまたいでの2人収録。オミクロン株が蔓延する中での新生活セットアップ、Allen Institute for Neural Dynamicsの第一印象など。後半では、最近神経科学界隈で話題のウイルスの新規変異(AAV.CAP-B10)や弱毒ワクチン(YFV-17D)について(1/4収録) Shownotes: モニュメントバレー ボストン近郊のスキー場 大学の不動産 レイク:Lake Union Social Security Number:マイナンバーのようなもの 全学でやっているポスドクのトレーニング(註:これは医学校だけでした) Uwajimaya:シアトルの日本食スーパー 一個目の論文 CaltechのGradinaru Ben Deverman PHP.BとかPHP.eB とか…
 
初のインダストリーからのゲスト。Wyss Institute から 10x Genomics に就職された佐々木浩さん(@popeetheclown)にお越しいただき、アカデミアとインダストリーの研究スタイルや自由の違い、海外就活の詳細なタイムラインと勘所、インダストリー研究ならではの醍醐味について伺いました(11/22 収録) Shownotes: 佐々木浩さん 10x Genomics Wyss Institute HP 泊研HP RISCの形成過程再構成&一分子イメージングのお仕事 論文 筆頭著者レビュー aaRS(PheRS)に関する構造生物学のお仕事 DNA-PAINTの簡単な説明 ぽん(Peng Yin)ラボHP DECODE-PAINTのお仕事(講演アブスト) 兵庫県立大学の吉…
 
Part. 1に続きDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro)にお越しいただき、直近のNature Genetics論文の裏話と、今後行うEngram関連のプロジェクトについて伺いました(11/4収録) Shownotes: 1st著者Bipartite 論文 Kitazawa et al., Nat Genet 2021 バレレットの発生について1st 著者としての総説 Kitazawa et al., Curr Opin Neurobiol 2018 最初期遺伝子、Immediate early gene (IEG) ニューロ、エピジェネティクス、クロマチンについて総説たち 1 2 ChIPseq、抗体を使って特定のタンパク質と相互作用のあるゲノム…
 
デンマーク・オーフス大のDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro, 現FMI Rijliラボ)をゲストに、これまでのキャリア・興味の変遷、FMI、ヨーロッパでの就活などなどについて話しました。(11/4収録 * 初のin-person収録ということで宮脇はお休み) Shownotes: 北沢ラボ(2022夏open予定、現在メンバー募集中)@DANDRITEのHP Aarhus大学DANDRITE (#20/21 米原さん回も参照) Nordic-EMBL EMBL 長野県の松本深志 東大医のPhD-MDコース 栗原裕基教授 Single-cell レベルでChIPseqできるCut&Run Hoxa2論文(Kitazawa et al., Devel…
 
BICCNのNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました(10/10収録) Shownotes: 10/20 に出る実験医学 Mesoscale Connectomeの仕事 Allen Institute for Brain Science Allen Institute for Neural Dynamics Tasic 2016 Tasic 2018 BICCNのサイトに載っている分かり易い対応図(このページの下の方) BICCNやってる人たち一覧 17報の論文:並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変 …
 
五十嵐さん回その4。収録終了後の雑談からオムニバス的に編集。最近の海馬でのSpatial+α表象の仕事についての見解、リバッタルでのレビュワーとのやり取り、新メンバーのテーマ設定、などなど(8/31+9/1収録)。 Shownotes: Eichenbaumが2000年くらいに言ってたこと(Neuron) あのEvidenceの論文 Aronovの仕事 Saltzmanの論文 Wallisの論文 Shoenbaumの論文 Peter Stern (Scienceのページ、工事中…?) https://www.science.org/author/peter-stern?page=2 Moserラボ出身のNNエディター、Dave(現在Nature本誌のエディター) Grid cellのrama…
 
五十嵐さん(@kei_m_igarashi)回その3。Nature論文を読んでからのディスカッションを行った後、高IFジャーナルの功罪、日本とノルウェーの大学院生の境遇の違い、若い研究者へのメッセージを伺いました(9/1収録) Shownotes: Schultzの実験 Assimilative learning: 既に確立したスキームを用いて行う新しい情報の学習 CAV2:逆行性に飛ぶウイルス LiqunのVTAの論文(DeisserothのはB2Bで出てたSNcのドパミンマッピングでした) Amygdalo-hippocampusのpaternal論文はこれ。Denis Pare弟子の天野さん。 クワイナイン:キニーネ。苦い。 Kay Tyeのprefrontalのドパミン論文 柳下さん…
 
UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)にお越しいただき、モーザーラボでのポスドク時代、ジョブハント、独立してからのお話をしていただきました。そして最後に今回のNature論文を少し頭出ししていただきました(8/31収録) Shownotes: ジョブハントについて:五十嵐さん就職活動記 MoserラボのGrid Cell論文 Loren FrankラボHP 田代さん ラボHP(現在シンガポール) Lisa GiocomoラボHP McNaughtonとのNRNのreview 故Howard Eichenbaum のラボ Jim KnierimがScienceに2005年に出してたMECとLECは違うっていう論文 Laura Colginのガンマ論文 藤澤さんの匂い…
 
UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)にお越しいただき、学部・大学院時代のお話、特に『失敗談』– あるいは地獄の釜の底 – について伺いました(8/31収録) Shownotes: 五十嵐ラボHP 五十嵐さん過去の読み物一覧 五十嵐さんのMoserラボでのN論文 伊藤さんのMoserラボでのN論文 NHKの脳ドキュメンタリー 驚異の小宇宙 人体II 脳と心 五十嵐さんのお父様(註:退官済み) 森憲作先生 Serizawa et al 2000 Nat Neurosci 訂正:近くのORは近くに投射する、というのは、その前のTsuboi et al JNSの内容で、この論文はolfactory receptorは相互排他的に発現する、という内容 恩送りのくだり@Tw…
 
印象に残っている歴史上の研究者、総説のライティング、オプトジェネティクスのアーティファクトを取り扱った論文等について話しました (9/5収録) Shownotes: UC irvineの場所 The OC Breaking Bad Good Will Hunting ボストンアクセント(を揶揄した動画) Nirvana Nevermindの赤ちゃん、訴える エヴァ@Amazon Prime ダーシー・トムソン チャールズ・シェリントン 細胞説のフィルヒョー ロベルト・コッホ ペンフィールド エクルス Proprioception Man on his nature Liqunの総説 Kay Tyeの総説 Mrsic-Flogelの総説 eOPN3論文 論文1:Mathias Mahnが昔出し…
 
Part 1に引き続き、DANDRITE&遺伝研(10月から)の米原圭祐さん(@K_Reisfeld)にお越しいただき、欧州のスタートアップグラント事情、ポスドク時代に欧州からのジョブハントで苦労したこと、今回Neuronにアクセプトされた双極細胞の軸索末端におけるsubcellular computation論文の内容紹介,、遺伝研でのこれからの研究の方向性について伺いました(7/10収録) Shownotes: エイミーノエタ:Emmy-Noether-Programme 欧州のグラントの特徴まとめ、たとえばこういうの (直pdf.注意) Dandrite DirectorのPoul Nissen Jens Skou オーフスにいる竹内さん Stadtman Investigator M…
 
デンマーク、オーフス大学DANDRITE研究所&遺伝研(10月から)の米原圭祐さん(@K_Reisfeld)にお越しいただき、これまでのキャリアと、海外と日本でJunior PIをやることの比較、Junior PIとして地位を確立する際に苦労したこと、等をお話しいただきました(7/10収録) Shownotes: 神経科学ニュース(直.pdf注意) 基礎生物学研究所/修了生の声 DANDRITEでチームリーダーを始めた頃 最近のもの。EMBLで受けた影響等 米原ラボHP In pressの論文 Neuron版 bioRxiv版 基礎生物学研究所 (基生研) 野田先生HP (現在のラボHP@東工大特任教授) Botond Roska(現在はIOBディレクター) 北欧EMBL(パートナーシップ)…
 
それぞれの近況、作品と作り手の分離、Caイメージングとコネクトームの対応データとそのビューワー、迷路を走るマウス、Self-inactivating Rabiesをめぐるゴタゴタ等について話しました。 Shownotes: AlphaFold2 論文 Graph Neural Networkの勉強:こういうの bioRxivに上がってた仕事 神経科学会の"Fear Mechanism"シンポジウム(追ってオンデマンド配信のリンク足します) 来年の神経科学会(@沖縄) マサチューセッツのクラスター イスラエルの政府レポート…はヘブライ語なのでWSJによる解説記事 星座の名前になるかも アメリカは政策で太ったみたいな話 この番組の How America Is Causing Global Ob…
 
理研BDRの宮道和成さん(@K_Miyamichi)にお越しいただき、キャリア選択時に考えていたこと、現在の研究の魅力、新機軸の打ち出し方、子育てに伴う研究スタイルのシフト、等をお話しいただきました(7/3収録) Shownotes: 宮道さん 過去のインタビュー:神経科学ニュース(直.pdf注意) 理研BDRタイムズ 科学道 比較コネクトミクス研究チームHP 立花隆の脳を究める 森憲作先生によるウサギ電気生理 このあたり Linda BuckとRichard Axelによる1991年の嗅覚受容体報告論文 嗅覚受容体の発現パターンの研究:1嗅神経1嗅覚受容体を実現するネガティブフィードバックの研究 嗅上皮の中で嗅覚受容体がどのように並び、嗅球に行った時にどのように展開するか、の研究 ガイダン…
 
ラボミーティング・研究所内セミナー形式についての雑談、フラッシュ論文紹介:海馬における空間・evidence表象、同一の刺激に対する神経活動の揺らぎに関する議論など(6/28収録) Show notes: QRコードによる接種証明 (いわゆるデジタルワクチンパス) UK上がっている G7近くのホテルが閉まる 若手中堅の研究会 (7/9) *世話人を介した登録が必要 生理研の研究会一覧:多様な視点から情動を捉え直す情動研究会(9/15), 記憶・学習の多角的理解に向けたアプローチ(9/16) 今年は現地とZoomのハイブリッド開催。 北西部がおかしい ボストンの気候 フラッシュ論文紹介 宮脇 論文その1:Geometry of abstract learned knowledge in the…
 
理研風間研・研エンの仲ポッドキャスターの加藤郁佳さん(@kayautoka)をゲストに、これまでのキャリア、モデル動物選択、これからポスドク先を選ぶにあたっての悩みなどを共有して頂きました。(6/6収録) Show notes: 加藤さん Researchmap 個人HP データベースCPSYMAP:「どの病気のどういう症状に数理モデルがあって、逆にどういうところが欠けているのか」を可視化する、計算論的精神医学のデータベース プレスリリース 知覚神経回路機構研究チーム(風間研) 日常生活の最適化EP:前編 後編 STUTSくん:平成生まれのトラックメーカー 長岡亮介(aka 浮雲、忘るまじおじさん):最近は星野源などのサポートに大活躍。東京事変の2代目ギタリストでもある。 Kording論文…
 
前回に引き続き、井上夫妻 (@feynman1104 , @s_k_inoue ) をゲストに、これまでとこれからのキャリア、ポスドクのお金事情、アメリカでの子育て、生活tips等について伺いました。(5/28収録) Show notes: Tom Mrsic-FlogelとSonja Hofer:UCLのSainsbury Welcome Centreで共にPIをしている夫妻研究者 Michell Monje:神経活動とグリオーマの増悪の関連などを研究 カールの会社:ClearLight Biotechnologies(CLARITY関連)、MapLight(オプト関連) Inscopix:自由行動下の動物に適用可能な小型顕微鏡を開発している会社 (Schnitzer研のスピンオフ) ベネ…
 
日本神経科学会の奨励賞を夫妻でそれぞれ受賞した井上昌俊さん(まささん)@feynman1104・井上清香さん(さやかさん)@s_k_inoueをゲストに、お二人の論文の裏話、スタンフォード大学で神経科学を研究する醍醐味などについて伺いました。後半に続きます。(5/28収録) Show notes: 奨励賞リンク Axon Remodelingのお仕事:メスの視床下部腹内側部のプロゲステロン受容体陽性細胞(Progesterone receptor expressing neurons in the ventrolateral portion of the ventromedial hypothalamus: Pvlニューロン)の前腹側室周囲核(Anteroventral periventri…
 
扁桃体Intercalted clusters (ITC) の亜核ITCdm/ITCvm (背側核/腹側核)が真逆の機能を持つこと、相互抑制の回路モチーフを持つこと、異なる投射先を協調制御していること等を報告した自身の最近の仕事について、萩原が裏話も交えながら紹介。 Shoe notes: Intercalated amygdala clusters orchestrate a switch in fear state 神経科学トピックス...日本語の解説記事@神経科学学会 Andreas Lüthiラボ Lüthiラボからの扁桃体回路レビュー(2015年) Pareの仕事↓ オピオイド受容体の発現を利用した毒素によってITCを破壊した仕事 ITCがBLA->CeAのImpulseを制御して…
 
前回の補足も兼ねて、Pseudo-typed Rabies Virusの原理と、その開発の歴史、今後の展望について萩原がサクッと解説。(5/22収録) Show notes: G-deleted rabies virus の開発・応用の第一人者であるEd CallawayとLiqun Luoによるレビュー論文。今回の企画は主にこの総説に沿って話しています。 ミルウォーキープロトコル(wiki) 。n=1と言ってますが、その後改良版が試され、これまで6人助かってるようです(n~50)。獣医学会のコラムが興味深い:狂犬病を発病した患者の最初の回復例 小坂田さん...Callaway研でRabiesのvariant作成論文を書かれて、世界中でリソースが使われて共同研究をされている。現・名古屋大。 …
 
シーケンシングによって(神経)細胞の繋がり方・投射様式を調べる方法について。Zadorラボから報告されているMAPseq等の手法を一通りおさらいした後、Quintanaラボから報告されたRABID-seq論文を紹介。(収録:5/15) Show notes: RABID-seq: Barcoded viral tracing of single-cell interactions in central nervous system inflammation MAPseq論文: High-Throughput Mapping of Single-Neuron Projections by Sequencing of Barcoded RNA BRICseq論文: BRICseq Bridges…
 
ゲスト回を振り返ってEngramについて雑談したり、最近目にした面白い論文をフラッシュトーク的に紹介しあったりしました。(収録:4/24) Show Notes: 冒頭雑談 ( - 0:26:25) 変異株に対するワクチンの有効性 、論文 プロテアーゼを一緒に打ち込む: この論文 Nature Medicineでした マシュマロ: 誹謗中傷を自動で除外する匿名コメント機能 (4/29- 受け付けてます!) エングラム雑談 (0:26:35 - ) Sheena Josselyn: 扁桃体等をモデルに記憶を担う細胞について研究。CREB関連の仕事が有名 Richard Semon (1859-1918): 動物学者・進化生物学者。エングラムの存在を予想。 Josselyn/Tonegawaによ…
 
奥山輝大さん(@Teru_Okuyama)ゲスト回後編。メダカ論文の裏話、利根川進先生と一緒に研究をすること、LOF/GOF一辺倒の研究に対して思うこと、などをお話しいただきました。 Show Notes: もうまんたい…ナインティナイン岡村主演の映画、無問題 (1999年) やくさく…池谷先生が主宰する研究室、薬品作用学教室(薬作)のこと (大学院時代の)大ボス…久保健雄先生のこと 武田研…武田洋幸先生のラボのこと Adult Neurogenesis…生体脳でのニューロン新生。神経幹細胞がニューロンに分化するのは(主に)胎生期から幼年期のみであるが、齧歯類等では、生体脳においても脳室下帯や海馬歯状回で神経新生が起こり、既存の回路に組み込まれる。この機能的意義が2000年頃から報告され始め…
 
東大定量研の奥山輝大さん(@Teru_Okuyama)をゲストに迎え、大学院時代、ポスドク時代、キャリア選択の際に考えていたこと、新PIとしての3年間についてお話しいただきました。後編(Part2)に続きます。 Show Notes: 奥山ラボHP バイリンガルニュース 定量研…東京大学の附置研、定量生命科学研究所のこと。 メダカの性行動の論文…A Neural Mechanism Underlying Mating Preferences for Familiar Individuals in Medaka Fish 奥山さんが博士課程で行った、メダカの『単純接触効果』の神経基盤に迫った仕事。メダカのメスは、配偶者を選択する際、事前に視覚的に認識していた見知ったオスを記憶していて、その求愛…
 
OISTの田中和正さん(@Kazu_ZT)をゲストにお招きし、OISTの研究環境、新PIのラボ運営、これからの研究方針、過去の研究の裏話などについて伺いました Show notes: 脳のハードドライブの仕組みと理由を探る...田中さんのインタビュー記事 田中さんのラボHP Cortical representations are reinstated by the hippocampus during memory retrieval …田中さんの大学院時代の業績。Neuron論文。fos-tTA, tetO-H2B-GFP, tetO-Creの3重トランスジェニックマウスのCA1に、Cre依存的に機能するArchTをAAVにより導入。文脈的恐怖条件づけの想起時に海馬CA1のfos陽性細胞…
 
雑談回。エヴァ(観てない)、シン・ゴジラ、ボストンの海鮮、ワクチン、ヘイトクライム等について。 Show Notes: Evangelion 3.0+1.0 Thrice Upon A Time...本当に見たい 鷺巣詩郎...エヴァの音楽作ってる人。さぎすしろう。 巨神兵東京に現わる...庵野監督による特撮作品 Union Oyster House...ボストンのシーフードの老舗 Legal Sea Foods...村上春樹もよく行っている(た)というシーフード店。(「ラオスにいったい何があるんですか?」に収録) アストラゼネカ製ワクチンと血栓症には因果関係は認められず、リスクがメリットを上回るため基本的には継続使用を推奨するというWHOのレポート。(*3/20時点での情報なので最新の情報…
 
10000種類以上のmRNAをsubcellular resolutionで解析できそうなSpatial transcriptomicsの手法について、5つの原理に分けて簡単にレビュー。 Show Notes: 1. RNAのcDNAを環状にして増幅、SOLiDでin situ sequencing Highly Multiplexed Subcellular RNA Sequencing in Situ...FISSEQ。George Churchラボ。 Rolling Circle Amplification...環状にした一本鎖DNAテンプレートに対して一方向にポリメラーゼで増幅をかけ、何周もさせることにより、巨大なアンプリコンを作成する手法 Next Gen SOLiD DNA Se…
 
ニューロンの細胞種はどう定義されるのか?萩原が in vivo Caイメージングとspatial transcriptomicsを組み合わせた研究2報を紹介しながら議論。トランスクリプトーム回の前編。 Show Notes: ・Dense Functional and Molecular Readout of a Circuit Hub in Sensory Cortex...今回メインで話題にした論文その1。CRACK: Comprehensive Readout of Activity and Cell Type Markers. (Jerry Chenラボ) ・Behavioral state coding by molecularly defined paraventricular …
 
パンデミックの影響に関して雑談。ヨーロッパでロックダウンの影響をもろに受けた萩原と、パンデミック下にオンラインポスドクインタビュー・ボストン留学開始を経験した宮脇がそれぞれ雑感を話しています。 Show notes: Salary Cap, Stipends, & Training Funds...米ポスドクの賃金目安 OIST...沖縄科学技術大学院大学のこと Maruichi...ボストンの日本食材スーパー Editorial notes: 早くワクチンが行き届いて、少しでも早く以前の日常に近い日々が戻るといいのですが。ちなみにinterviewをしたのは2019年ではなく、2020年1月の間違い...。 萩原 リポフェクションやアデノウイルスの打ち込み、される側になるとは思ってもみませ…
 
論文紹介#1。"グリッド細胞の集合的な活動がドーナツ型になる" ことを示したプレプリントについて話しています。 Show notes グリッド細胞...内側嗅内皮質(MEC)にあるニューロンで、動物がいる場所に反応して活動する。一つの細胞が反応する場所は規則的に並んでおり、平行四辺形の格子(グリッド)の格子点に一致するのが特徴。 トーラス...ドーナツ(の表面)の形。 アトラクター・ネットワーク...時間に依存して状態を変化させるシステム(例:相互に結合するニューロンの活動)のうち、あるいくつかの特定の状態に落ち着く性質を持つもの。 コンティニュアス・アトラクター・ネットワーク...アトラクター・ネットワークの一種で、収束した状態を取るが、ある収束した状態から、それに近い別の収束状態へと遷移…
 
ポッドキャスト紹介回として、主にポッドキャストを始めた動機に関して2人で話しました。今後予定しているコンテンツ、等 Show notes: Friedrich Miescher Institute...スイスのバーゼルにある研究機関。神経科学、定量生物学、エピジェネティクス等の研究に注力。 Wyss Insititute...アメリカのボストンにある研究機関。生命科学にインスパイアされたものづくりと、それを基にした起業支援に注力。 Rebuild...ウェブ開発、プログラミング、モバイル、ガジェットなどにフォーカスしたテクノロジー系ポッドキャスト。 Dissect...有名な洋楽アルバムについて、1曲ずつその音楽的な工夫や詞の背景などを解説するポッドキャスト。 バイリンガルニュース...日本…
 
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