show episodes
 
A simple story in 26 parts. A good place to start your Japanese studies. It is a good idea to listen many times to each item. This story is also available in English, French, Russian, Italian, Spanish, Swedish, Chinese, Portuguese and German in the Library for those languages. You can use these versions to provide a direct translation. You can also find this story in Hiragana and in Romaji in the Library. **note: Translations may not be 100% accurate**
 
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show series
 
染色体分配時におけるKi-67の機能性に関する論文を紹介しました。 Show notes 周期ゼミ Periodical cicadas … 全米における周期ゼミの分布について 論文の縦読み … 同じオーサーの論文を時間軸で読む、論文の縦読みについてはresearchat.fmのep57にて説明しました。 Cuylen-Haering et al., Nature (2020) … “Chromosome clustering by Ki-67 excludes cytoplasm during nuclear assembly” Gerlich et al. Cell (2003) … “Global Chromosome Positions Are Transmitted through…
 
NEB社の巨大な製品カタログの楽しみ方、多様な制限酵素の世界とその巧妙な仕組みについて話しました。 第123回 ポッドキャストで語るサイエンスとその魅力(実験医学) NEB…日本語のNEBウェブサイト。NEBはNew England BioLabsの略でした(BioScienceではありませんでした。)大変申し訳ございませんでした。 NEB Literature Portal…カタログのまとめページ。 NEB Catalog & Technical Reference…これがNEBが誇る400ページ超のカタログ! Eric Lander (Wikipedia) DNA Structure and Classic experiments (Youtube)…Eric Landerの超おすすめな…
 
ENCODEプロジェクトにおけるサイレンサー探索の論文紹介と現代生物学の複雑性と多様性について話しました。 Shownotes ENCODE…ENCODEとはEncyclopedia of DNA Elementsの略! ENCODE (Wikipedia) ヒトゲノムの機能解明に向けたENCODEの試み (pdf) Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001…ヒトゲノム解読の論文。 The Sequence of the Human Genome. Science 2001…ヒトゲノム解読の論文。 ENCODE 4…ENCODEのPhase 4についてはここにaimなどが書いてある。 ENCODE3勉強会…
 
現存する伝説の武器について話しました。 Shownotes 前回の武器回 researchat.fm ep30 Battle Aura 草薙剣 … 別名天叢雲剣 三種の神器 … 八咫鏡、草薙剣、八尺瓊勾玉。三種の神器といえばKOFを思い出しますね。 一向一揆 THE CELL … 分子生物学における代表的な鈍器の一つ 放射性炭素年代測定 … C14の存在比率で年代測定をする手法 空海 熱田神宮 … 草薙剣の実物が祀られている 三種の神器と贈与税 … 非課税 壇ノ浦の戦い … 草薙剣の形代が一度失われた 聖骸布 古事記 千と千尋の神隠し ポールアレン 十握剣 … 日本神話に出てくる剣。特定の剣を指す言葉ではなく、10束の長さの剣の総称。 天之尾羽張剣 … イザナギが使用した十握剣。カグツチを斬…
 
kyonさんをゲストに迎え、実験道具のこだわりと誤差、おすすめの餃子、無水料理や料理の楽しみなどについて話しました。 Shownotes ピペットマン 知らないの?とバカにされないための正しいピペッティング操作とテクニック … フォワード法だけではなくリバース法も使っていこうぜ! Gilson Eppendolf レイニン Liquidator 96 Gilson プレートマスター Oリング ピペットチップ LoBindチューブ パラフィルムの上でやる パラフィルムの上でやる2 … Hiroko Bannai先生のツイートを引用させていただきました。 自家蛍光 96穴ガラスプレート MatTek IWAKI Matsunami ピンセットを研ぐ 鍛冶師・憑二斉 … ブラックジャックの研ぎ師 …
 
kyonさんをゲストに迎え、自作のモノクローナル抗体をつくるプロトコルとその魅力について教えてもらいました。 Shownotes 抗体 (antibody)…免疫グロブリンの総称。参考ページ:抗体とは (MBLのwebページ)、抗体とは? (中外製薬webページ) 抗体ガイド 4. ポリクローナル抗体とモノクローナル抗体 (abcamのwebページ) モノクローナル抗体の作り方 (中外製薬webページ) 重鎖・短鎖…抗体を構成する部位。参考ページ: Sigmaのwebページ エピトープ…抗体の抗原認識部位 免疫染色…抗体を用いて目的のタンパク質のみを染めることで可視化する手法。最も一般的なのは蛍光でラベルする蛍光免疫染色 (Immunofluorescence staining) ELISA…
 
kyonさんをゲストに迎え、自粛期間中の実験動物の飼育、コーヒーの楽しみ方、ツーリングや海底トンネル工事の魅力などについて好き勝手に話しました。 Shownotes ゲストのKyonちゃんが最初に登場したのは、エピソード14とエピソード15でした。PIWI-piRNAについては、ep14にてお話ししています。 ハムスター (Wikipedia)…kyonは研究にゴールデンハムスターを使っている クローズドコロニー…個体間の遺伝的な性質にばらつきを残しつつ、集団としては特定の遺伝的形質を示すように維持されている系統のこと。 近交系…個体間の遺伝的差異をできるだけ少なくなるように維持された系統。実験動物(マウス)は基本的に近交系 ショウジョウバエの植え継ぎ…ジエチルエーテルで麻酔をかけたあとに新…
 
アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。 Shownotes MOLESKIN … みんな大好きなMOLESKINのノート MOLESKIN クラシック ハード 方眼 ラージ (Amazon) … これの色違いを使っています。もらい物ですが…ただ万年筆との相性は悪い。(tadasu) 宮崎駿さんとMOLESKIN (Twitter) … @machizo3000 さんのツイートを引用させていただきました。 石井裕 (Wikipedia) … Twitter @ishii_mit Hideshi Hamaguchi (Wikipedia) … Twitter @hideshione Rollbahnのノート (Amazon) … …
 
バイオテクノロジーと枯れた技術の水平思考、ピタゴラスイッチ、507 Mechanical Movementsについて話しました。 Shownotes 任天堂 (公式サイト) … 任天堂 横井軍平 (Wikipedia) 宮本茂 (Wikipedia) 岩田聡 (Wikipedia) 桜井政博 (Wikipedia) 田尻智 (Wikipedia) 横井軍平ゲーム館 (Amazon) … 横井軍平さんが作ったおもちゃとゲームに対する考えを一通り学ぶことができる。 山内溥 (Wikipedia) … 3代目任天堂社長 ゲーム&ウォッチ (Wikipedia) ウルトラハンド (Wikipedia) ラブテスター (Wikipedia) 枯れた技術の水平思考 … 今回のエピソードでは、枯れた技術に…
 
エンタメの旬、オンライン指導、おすすめの漫画紹介(大盛)、受動的・能動的情報摂取、ポッドキャストのプレイリストについて話しました。 Shownotes バーチャファイター2 (Wikipedia) ストリートファイターII (Wikipedia) 梅原大吾 (Wikipedia) FPS (Wikipedia) VALORANT ゲームブック (Wikipedia) 円城塔 (Wikipedia) にゃんたんのゲームブック TRPG (Wikipedia) 遊☆戯☆王 (Amazon) Street Fighter V (Amazon) 鉄拳7 (Amazon) Mortal Combat 11 (Amazon) グラブルファンタジーヴァーサス (Amazon) Twitch Mildom …
 
改良型のCRISPR–Cas9によるゲノム編集ツールAFIDと変異パターンの予測について原著論文を紹介しました。 Shownotes Precise, predictable multi-nucleotide deletions in rice and wheat using APOBEC–Cas9, Nature Biotechnology 2020…今回はこの論文を紹介しました。APOBEC–Cas9 fusion-induced deletion systems (AFIDs)と呼ばれるゲノム編集技術です。 Non-homologous end joining (NMEJ)…Cas9で誘導される二本鎖DNA切断が修復される仕組みの一つ。 Researchat.fmで話した過去のCas9…
 
英単語の不規則な複数形とグラフィティについて話しました。 Shownotes Joe Rogan … マッチョな徹子の部屋、ことJoe Roganのポッドキャスト タコが鷲を食べようとしている動画 … 鷹ではなく鷲でした 単複同形 … 単複両形ではなく単複同形です。恥ずかしい。 ラテン語起源の変化、ギリシャ語起源の変化 us -> i … nucleus -> nuclei, radius -> radii, stimulus -> stimuli, focus -> foci, fungas -> fungi, alumnus -> alumni, syllabus -> syllabi a -> ae … alga -> algae, larva -> larvae um -> a … …
 
バターコーヒーの自作、ゲーム実況の面白さと視聴コンテンツを探す労力問題、おすすめのYoutubeやアニメについて話しました。 Shownotes Bullet Proof Coffee (バターコーヒー, 完全無欠コーヒー) シリコンバレー式 自分を変える最強の食事…この本がバターコーヒーの元ネタ。一時期話題になっていた。バターコーヒーでは痩せない(tadasu談 n=1) tadasuのバターコーヒーの作り方: コーヒー:250-500ml + グラスフェド無塩バター:15g + MCT oil: 15ml -> ミキサーでドン!!! グラスフェド無塩バター…日本は無塩バターが高いな…さすがに…しかもこれがいいのかはわかりません… MCTオイル (Amazon)…これも日本だと高いですね……
 
動物の体外で培養された細胞により作られた培養肉、さらに植物性の代替肉や代替卵について話しました。 Shownotes Choudhury et al., Trends in Biotechnology (2020) … 最新のCultured meat(培養肉)界隈について How it’s made: Cultivated Meat … 上記論文を書いた著者のblog。Cultured meatについての全ての情報が書かれている。必読。 Sayamaさん(@Sayamabio)のtweet … いつも素晴らしいBiotechnology関連の情報をくださるsayamaさんのツイッターで上記の論文とblogの情報を知りました。ありがとうございます。 Cultured Meat Company…
 
RNA分子の空間的な近接性を計測するRIC-seqという手法について、原著論文を紹介しました。 Shownotes RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions. Nature 2020…今回紹介したRIC-seqの原著論文へのリンク。 核酸の二次構造 (Wikipedia) RNA結合タンパク質 MBLライフサイエンス ノンコーディングRNA動態解明の最前線 (pdf) Micrococcal Nuclease, NMase (NEB) Ep16, Researchat.fm…エピソード16では分子の近接性から空間構造を再構成するさまざまな方法について解説しています。 Comprehensive M…
 
第二回異世界分子生物学会の周辺について話しました。 Show notes 第2回異世界分子生物学会(本) … 感想は #異世界分子生物学会 でよろしくお願いします。 第2回異世界分子生物学会(電子) 第1回異世界分子生物学会(本) 第1回異世界分子生物学会(電子) 日本分子生物学会 怪獣生物学入門 … 理研 倉谷滋先生が描く、怪獣デザインとは何か。SF作品に登場する架空の生物のリアリティーについて第一線の発生生物学者が解説する。これこそ異世界発生生物学会といえる。 researchat.fm ep38 … dessanといろいろ語った回。dessanが異世界分子生物学会に投稿した作品についてはこのエピソードで話されています。 思弁的実在論 Christian de Duve 進化の特異事象 …
 
科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました。 Shownotes Nature Review Cancer…Natureが出版しているレビュー誌の一つで、がん研究に関連する論文を取り扱う。 Nature Review Genetics…Natureが出版しているレビュー誌の一つ、遺伝学に関連する論文を取り扱う。 Boston Chromatin Club Blog Karl Deisseroth (Wikipedia)…光遺伝学の開祖 DNA microscopy, researchat.fm…これについては、エピソード16で解説しています。 物体にデータをエンコードできる「モノのDNA」の時代が、小さなウサギのフィギュアから始まった (WIRED…
 
クモについて詳しいゲストを迎え、フリーハンドで丸と直線を描くトレーニング、メールで進むかまいたちの夜、自作PC、論文管理の難しさ、趣味としてのポッドキャスト、コーディング環境とWet/Dryのデータ管理について話しました。 Show notes Readable Lab NotebookのTipsを集めたいので、ご協力いただける方はtwitterにつぶやいていただくか(我々が検索可能な形であればうれしいです)、お便りコーナーから連絡いただけると助かります。そのうちまた紹介したいと思います。 幻影旅団 HUNTER×HUNTER (Amazon) フリーハンドで丸と直線を書く…デザイナーの山中俊治さんによると、「今でもスケッチを描く前には、初心に返って、一枚の紙を楕円で埋めつくすことから始めま…
 
クモに詳しいゲストをお呼びして、クモについて話しました。 Show notes Albert-László Barabási … scale-free networkで知られるネットワーク科学研究者 Uri Alon … システム生物学の研究者。 Uri Alonによるシステム生物学の授業 (YouTube) … 以前から更新されているUri Alonによるシステム生物学の授業。授業の中でリラックスのために深呼吸を促すこともある。 システム生物学入門 (Amazon) … Uri Alonによるシステム生物学に関する入門教科書。 ネットワーク科学: ひと・もの・ことの関係性をデータから解き明かす新しいアプローチ (Amazon) … Barabásiらによるネットワーク科学の教科書 クラスタ…
 
RNA分子の局在を一斉に捉えるイメージング技術とそれをささえる巧妙な方法について原著論文を解説しました。 Show notes elmo囲い 電王戦 Single-cell in situ RNA profiling by sequential hybridization. Lubeck et al Nature Methods 2014…CaiらによるSeqFISHのオリジナル論文。無料で読めます。 Ep16. Beyond imaging (Researchat.fm)…エピソード16回ではイメージングせずに位置情報を再構成するDNA Microscopyについて解説しています。 WHAT IS SEQFISH?…CaiらによるSeqFISH技術紹介のページ。とてもわかり易いです。 Sp…
 
仕事タスクを最適化できない問題、ロードマップと攻略、門戸の広げ方、教科書の読み方とウェブ授業、DeepLの使用感について話しました。 Show notes 梅原大吾 ゲームパッド ファイティングエッジ刃 … プロゲーマーsakoさんが開発に関わり、大会でも使用しているアーケードコントローラー。最近coelaも買いました。 Hit Box … ボタンしかないアーケードコントローラー(レバー操作もボタンで行う)。プロゲーマーの梅原大吾選手も大会で使用している。 vim … テキストエディタ emacs … テキストエディタ Yeti Blue … researchatメンバーが収録につかっているマイク WEB DEVELOPER ROADMAP 2020 … Webデベロッパに必要な知識・技術の…
 
ゲストにkotoneさんを招き、ディープラーニング、機械学習とそのアルゴリズムや計算用マシンについて話しました。 Show notes 機械学習 (Wikipedia) ディープラーニング(深層学習) (Wikipedia) ニューラルネットワーク (Wikipedia) パーセプトロン (Wikipedia) GPU (Wikipedia) ディープラーニング入門 Chainer チュートリアル 株式会社 Preferred Networks Chainer NVIDIA CUDA-X GPU-Accelerated Libraries for AI and HPC Preferred Networks、1024個のGPUでディープラーニングの世界最高速を実現と発表 NARUTO -ナルト…
 
PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)の原理について基礎から話しました。dessanをゲストに迎えました。 Show notes PCR(ポリメラーゼ連鎖反応) … 特定のDNAサンプルから目的のDNA配列を増幅させる方法。分子生物学における最も基本的な実験の一つ。 DNA(デオキシリボ核酸) … 地球上の生命体の遺伝情報を司る高分子化学物質。いわゆるDNA。 水素結合 … 水素間で起きる非共有結合性の相互作用。2本のDNA鎖が反平行に配向し二重らせん構造を形成する際、A-T,G-Cの間は水素結合によって結ばれる。A-Tは2個、G-Cは3個の水素結合によって結ばれるため、結合の強度が異なる。共有結合やイオン結合と比べて弱く、ファンデルワールス力よりは強い。 DNAポリメラーゼ … DNAを複製するた…
 
記念すべき第50回は、酵母のストレス環境におけるタンパク質の翻訳制御に関する原著論文を紹介しました。 Show notes Cells alter their tRNA abundance to selectively regulate protein synthesis during stress conditions. Torrent et al., Science Signaling (2018)…今回のエピソードで紹介した論文。フリーのオンラインアクセスがあります。 コドン (Wikipedia) … コドンについてはep7とep37(入門編)でも話しています! tRNA (Wikipedia) RT-qPCR (Wikipedia) … 本論文でtRNAの定量に使われた手法。 グル…
 
「わたしは人類」と「柿ゲノム」の共通項を無理やり探しました。 Show notes 死がふたりを分かつまで やくしまるえつこ わたしは人類 (YouTube) やくしまるえつこさんによる「わたしは人類」の解説 … やくしまるえつこさんによるわたしは人類の解説。ぜひ読んでいただきたい。 やくしまるえつこさんによる「わたしは人類(I’m Humanity)」の解説 … シアノバクテリアと塩基の情報があります。 Ohno and Ohno. Immunogenetics (1986) … 大野夫妻によるDNA music論文のオリジナル Susumu Ohno, DNA Music (YouTube) 空間知覚拡張のための“聞こえる化”デバイスの開発 … 未踏2015にて発表された「聞こえる化」の…
 
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