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会社員プログラマの森田と向井がコンピュータサイエンス周辺の論文を雑に読んで感心する Podcast です。就業後に会議室からこっそりお送りします。
問題発見と解決のための二分探索の方法、最近買ったソフトウェア、漫画について話しました。 Shownotes Rui Ueyama – 自作コンパイラでPythonのtest_utf8_modeテストが通るようにする (Youtube)…二分探索を利用して自作コンパイラにあるバグを修正するライブコーディング。必見。 test_utf8_mode.py (Github) Rui Ueyama – chibiccのコード紹介 (Youtube) chibicc: A Small C Compiler Turing Complete FM…Ruiさんによるポッドキャスト番組。 Bisection method (Wikipedia) GNU Emacs Misreading Chat - CSの論文…
カナダの就労ビザ取得あれこれ、海外旅行に行きたい、オフラインとオンラインミーティングの良さ、買いたいゲームなどについて話しました。 Show notes IRCC (Immigration, Refugees and Citizenship Canada) 在日カナダ大使館 ファイザーとBioNTech、COVID-19ワクチン候補の国際共同第3相臨床試験ですべての主要な有効性評価項目を達成 天穂のサクナヒメ (ゲーム) ギルティギア (ゲーム) アニメ 鬼滅の刃 (Netflix) 歴代興収ベスト100 興行通信社 シン・エヴァンゲリオン劇場版 Editorial notes さて、今回の収録ではたまきさんが音源の保存に失敗するというミスを起こしたため、アフレコ+鬼編集であたかも会話してい…
pomeさんをゲストに迎え、TALEN・UCART治療・シングルセル解析・核酸医薬・DNA合成に関する技術と関連のバイオテック企業の動向について話を伺いました。 Shownotes Researchat.fm ep79…pomeさんゲスト回前編はこちらです。 TALEN…詳しくはResearchat.fm ep76 Cellectis … Swedenではなく、Franceの企業だったようです。(BB氏訂正ありがとうございました。) CAR-T UCART…Universal Chimeric Antigen Receptor T-cells。”Off-the-shelf”ってかっこいいですね。 T細胞 (Wikipedia) HLA (Wikipedia) NK細胞 (Wikipedia)…
pomeさんをゲストに迎え、ボストン界隈を中心としたCRISPR関連のバイオスタートアップについて話を伺いました。 Show notes Top CRISPR Startup Companies Changing the Future of Biotech and Medicine … CRISPR関連スタートアップまとめ Researchat.fm, ep76 … ゲノム編集特集回 Researchat.fm, ep77 … ゲノム編集特集回 Researchat.fm, ep2 … CRISPR特集回 Researchat.fm, ep77 Researchat.fm, ep47 … SHERLOCKについて話しました。 Boston MIT … マサチューセッツ工科大学。Kendall…
並列編集しても衝突しないデータ構造 CRDT に森田が入門します。感想などはハッシュタグ #misreading か hello@misreading.chat にお寄せください。iTunes のレビューや星も歓迎です。 Conflict-free Replicated Data Types – Archive ouverte HAL A commutative replicated data type for cooperative editing – Archive ouverte HAL Dynamo: Amazon’s Highly Available Key-value Store About CRDTs • Conflict-free Replicated Data Types …
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78. You can(not) do science in one country
2:06:09
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shiotaさんをゲストに迎え、カナダ、アメリカ、フランスの三ヶ国における留学体験(学部-博士-ポスドク)についてお聞きしました。 Show notes Shiotaさん 希少癌NUT Carcinoma発症メカニズムとは、新規治療法発見を目指す … Shiotaさんが特集された記事。途中から有料です。 Massachusetts General Hospital: MGH Brigham and Women’s Hospital オタワ大学留学生用コース … English Intensive Program ESL (English as a second language) カンザス州 オズの魔法使い カンザスシティロイヤルズ コミュニティカレッジ カンザス大学 OPT: Option…
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#88: A History of Haskell: being lazy with class
58:57
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Haskell の長い歴史を向井が辿ります。感想などはハッシュタグ #misreading か hello@misreading.chat にお寄せください。iTunes のレビューや星も歓迎です。 A History of Haskell: being lazy with class – Microsoft Research Haskell Language Home — The Glasgow Haskell Compiler https://www.haskell.org/onlinereport/haskell2010/ Changes since Haskell ’98Jun Mukai による
dessanをゲストに迎え、CRISPRの仕組みを利用した様々な技術や遺伝子回路、これからの発展について話しました。 Show notes The Nobel Prize in Chemistry 2020…The Nobel Prize in Chemistry 2020 was awarded jointly to Emmanuelle Charpentier and Jennifer A. Doudna “for the development of a method for genome editing.” Scientifc Background on the Nobel Prize in Chemistry 2020 A TOOL FOR GENOME EDITING…ノーベル財…
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#87: From Laptop to Lambda: Outsourcing Everyday Jobs to Thousands of Transient Functional Containers
35:11
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AWS Lambda で Chromium をビルドしたり単体テストを流したりする話を和良が読みました。感想などはハッシュタグ #misreading か hello@misreading.chat にお寄せください。iTunes のレビューや星も歓迎です。収録中に話しきれなかったことについては補足もどうぞ。 From Laptop to Lambda: Outsourcing Everyday Jobs to Thousands of Transient Functional Containers | USENIX https://github.com/StanfordSNR/gg Outsourcing Everyday Jobs to Thousands of Cloud Functi…
JavaScript 二十年の歴史を森田がひやかします。感想などはハッシュタグ #misreading か hello@misreading.chat にお寄せください。iTunes のレビューや星も歓迎です。 JavaScript: the first 20 years | Proceedings of the ACM on Programming LanguagesHajime Morrita による
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#85: Continuous Profiling: Where Have All the Cycles Gone?
35:08
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ハードウェアカウンタを使ったプロファイラ実装を解説した論文を向井が紹介します。感想などはハッシュタグ #misreading か hello@misreading.chat にお寄せください。iTunes のレビューや星も歓迎です。 Continuous profiling: where have all the cycles gone?: ACM Transactions on Computer Systems: Vol 15, No 4Jun Mukai による
データセンターでプロファイラを動かしてわかったことは何なのか、森田が論文を読みます。感想などはハッシュタグ #misreading か hello@misreading.chat にお寄せください。iTunes のレビューや星も歓迎です。 Google-Wide Profiling: A Continuous Profiling Infrastructure for Data Centers – Google Research Profiling a warehouse-scale computer – Google Research 2 Billion Devices and Counting: An Industry Perspective on the State of Mobile …
dessanをゲストに迎え、CRISPR–Cas9やTALENなどのゲノム編集技術とその背後にある遺伝学について話しました。 Show notes The Nobel Prize in Chemistry 2020…The Nobel Prize in Chemistry 2020 was awarded jointly to Emmanuelle Charpentier and Jennifer A. Doudna “for the development of a method for genome editing.” Scientifc Background on the Nobel Prize in Chemistry 2020 A TOOL FOR GENOME EDITING…ノ…
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#83: Dynamic Instrumentation of Production Systems
40:21
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今をときめく eBPF/bpftrace の先祖 DTrace の論文を向井が紹介します。感想などはハッシュタグ #misreading か hello@misreading.chat にお寄せください。iTunes のレビューや星も歓迎です。 Dynamic Instrumentation of Production Systems dtrace.org » About DTrace BPF Performance Tools (Book)Jun Mukai による
ガラスをクラウドの cold storage に使いたい Microsoft Research の野望を森田が紹介します。感想などはハッシュタグ #misreading か hello@misreading.chat にお寄せください。iTunes のレビューや星も歓迎です。 Glass: A New Media for a New Era? – Microsoft Research Project Silica proof of concept stores Warner Bros. ‘Superman’ movie on quartz glass GitHub Archive Program: the journey of the world’s open source code to …
昔は広く使われていた実行時間プロファイラ gprof の論文を向井が読みました。感想などはハッシュタグ #misreading か hello@misreading.chat にお寄せください。iTunes のレビューや星も歓迎です。 gprof: a Call Graph Execution Profiler Tarjan’s strongly connected components algorithm – Wikipedia research!rsc: How To Build a User-Level CPU ProfilerJun Mukai による
「この分野は専門外なのですが」、「この分野は初心者なのですが」等から始まる研究者のはなし方について思うことを言い合いました。 Show notes Researchat.fm @Amazon music … Researchat.fmがamazon musicで聴くことができるようになりました。ご登録よろしくお願いします。 料理のステップと人気度に関するツイート … @kenkawakenkenke さんのツイートを引用させていただきました。これを実験に置き換えたら結構良さそう コーヒーの科学 Pokemon GOとガチ勢の定義 ポトフさん … 日本ポッドキャスト産みの親の一人。日本のポッドファーザー。実はTwitterも日本人では十数人目に始めたらしい。たくさんのポッドキャスト番組をやって…
ナノレベルの分子構造をDNAシーケンシングから再構成する「DNA Nanoscope」と呼ばれる技術について、原著論文と分野の周辺を紹介しました。 Show notes A DNA nanoscope that identifies and precisely localizes over a hundred unique molecular features with nanometer accuracy. (BioRxiv 2020)…今回Sohが紹介する論文はこれ。 研エンの仲…“研究者とエンジニアのカップルが、様々な話題について時にゆるく時に白熱した議論をするPodcast” 論理回路 (Wikipedia) Peng Yen Toehold switch (Wyss Institu…
Misreading Chat またちょっとやります、というお知らせです。マイクテストの結果を配信しています。本編は来週くらいに録る予定です。Hajime Morrita による
染色体分配時におけるKi-67の機能性に関する論文を紹介しました。 Show notes 周期ゼミ Periodical cicadas … 全米における周期ゼミの分布について 論文の縦読み … 同じオーサーの論文を時間軸で読む、論文の縦読みについてはresearchat.fmのep57にて説明しました。 Cuylen-Haering et al., Nature (2020) … “Chromosome clustering by Ki-67 excludes cytoplasm during nuclear assembly” Gerlich et al. Cell (2003) … “Global Chromosome Positions Are Transmitted through…
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72. The Hitchhiker's Guide to the Enzyme Galaxy
1:15:37
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NEB社の巨大な製品カタログの楽しみ方、多様な制限酵素の世界とその巧妙な仕組みについて話しました。 第123回 ポッドキャストで語るサイエンスとその魅力(実験医学) NEB…日本語のNEBウェブサイト。NEBはNew England BioLabsの略でした(BioScienceではありませんでした。)大変申し訳ございませんでした。 NEB Literature Portal…カタログのまとめページ。 NEB Catalog & Technical Reference…これがNEBが誇る400ページ超のカタログ！ Eric Lander (Wikipedia) DNA Structure and Classic experiments (Youtube)…Eric Landerの超おすすめな…
ENCODEプロジェクトにおけるサイレンサー探索の論文紹介と現代生物学の複雑性と多様性について話しました。 Shownotes ENCODE…ENCODEとはEncyclopedia of DNA Elementsの略！ ENCODE (Wikipedia) ヒトゲノムの機能解明に向けたENCODEの試み (pdf) Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001…ヒトゲノム解読の論文。 The Sequence of the Human Genome. Science 2001…ヒトゲノム解読の論文。 ENCODE 4…ENCODEのPhase 4についてはここにaimなどが書いてある。 ENCODE3勉強会…
現存する伝説の武器について話しました。 Shownotes 前回の武器回 researchat.fm ep30 Battle Aura 草薙剣 … 別名天叢雲剣 三種の神器 … 八咫鏡、草薙剣、八尺瓊勾玉。三種の神器といえばKOFを思い出しますね。 一向一揆 THE CELL … 分子生物学における代表的な鈍器の一つ 放射性炭素年代測定 … C14の存在比率で年代測定をする手法 空海 熱田神宮 … 草薙剣の実物が祀られている 三種の神器と贈与税 … 非課税 壇ノ浦の戦い … 草薙剣の形代が一度失われた 聖骸布 古事記 千と千尋の神隠し ポールアレン 十握剣 … 日本神話に出てくる剣。特定の剣を指す言葉ではなく、10束の長さの剣の総称。 天之尾羽張剣 … イザナギが使用した十握剣。カグツチを斬…
kyonさんをゲストに迎え、実験道具のこだわりと誤差、おすすめの餃子、無水料理や料理の楽しみなどについて話しました。 Shownotes ピペットマン 知らないの？とバカにされないための正しいピペッティング操作とテクニック … フォワード法だけではなくリバース法も使っていこうぜ！ Gilson Eppendolf レイニン Liquidator 96 Gilson プレートマスター Oリング ピペットチップ LoBindチューブ パラフィルムの上でやる パラフィルムの上でやる2 … Hiroko Bannai先生のツイートを引用させていただきました。 自家蛍光 96穴ガラスプレート MatTek IWAKI Matsunami ピンセットを研ぐ 鍛冶師・憑二斉 … ブラックジャックの研ぎ師 …
kyonさんをゲストに迎え、自作のモノクローナル抗体をつくるプロトコルとその魅力について教えてもらいました。 Shownotes 抗体 (antibody)…免疫グロブリンの総称。参考ページ:抗体とは (MBLのwebページ)、抗体とは？ (中外製薬webページ) 抗体ガイド 4. ポリクローナル抗体とモノクローナル抗体 (abcamのwebページ) モノクローナル抗体の作り方 (中外製薬webページ) 重鎖・短鎖…抗体を構成する部位。参考ページ: Sigmaのwebページ エピトープ…抗体の抗原認識部位 免疫染色…抗体を用いて目的のタンパク質のみを染めることで可視化する手法。最も一般的なのは蛍光でラベルする蛍光免疫染色 (Immunofluorescence staining) ELISA…
kyonさんをゲストに迎え、自粛期間中の実験動物の飼育、コーヒーの楽しみ方、ツーリングや海底トンネル工事の魅力などについて好き勝手に話しました。 Shownotes ゲストのKyonちゃんが最初に登場したのは、エピソード14とエピソード15でした。PIWI-piRNAについては、ep14にてお話ししています。 ハムスター (Wikipedia)…kyonは研究にゴールデンハムスターを使っている クローズドコロニー…個体間の遺伝的な性質にばらつきを残しつつ、集団としては特定の遺伝的形質を示すように維持されている系統のこと。 近交系…個体間の遺伝的差異をできるだけ少なくなるように維持された系統。実験動物（マウス）は基本的に近交系 ショウジョウバエの植え継ぎ…ジエチルエーテルで麻酔をかけたあとに新…
アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。 Shownotes MOLESKIN … みんな大好きなMOLESKINのノート MOLESKIN クラシック ハード 方眼 ラージ (Amazon) … これの色違いを使っています。もらい物ですが…ただ万年筆との相性は悪い。(tadasu) 宮崎駿さんとMOLESKIN (Twitter) … @machizo3000 さんのツイートを引用させていただきました。 石井裕 (Wikipedia) … Twitter @ishii_mit Hideshi Hamaguchi (Wikipedia) … Twitter @hideshione Rollbahnのノート (Amazon) … …
バイオテクノロジーと枯れた技術の水平思考、ピタゴラスイッチ、507 Mechanical Movementsについて話しました。 Shownotes 任天堂 (公式サイト) … 任天堂 横井軍平 (Wikipedia) 宮本茂 (Wikipedia) 岩田聡 (Wikipedia) 桜井政博 (Wikipedia) 田尻智 (Wikipedia) 横井軍平ゲーム館 (Amazon) … 横井軍平さんが作ったおもちゃとゲームに対する考えを一通り学ぶことができる。 山内溥 (Wikipedia) … 3代目任天堂社長 ゲーム&ウォッチ (Wikipedia) ウルトラハンド (Wikipedia) ラブテスター (Wikipedia) 枯れた技術の水平思考 … 今回のエピソードでは、枯れた技術に…
エンタメの旬、オンライン指導、おすすめの漫画紹介(大盛)、受動的・能動的情報摂取、ポッドキャストのプレイリストについて話しました。 Shownotes バーチャファイター2 (Wikipedia) ストリートファイターII (Wikipedia) 梅原大吾 (Wikipedia) FPS (Wikipedia) VALORANT ゲームブック (Wikipedia) 円城塔 (Wikipedia) にゃんたんのゲームブック TRPG (Wikipedia) 遊☆戯☆王 (Amazon) Street Fighter V (Amazon) 鉄拳7 (Amazon) Mortal Combat 11 (Amazon) グラブルファンタジーヴァーサス (Amazon) Twitch Mildom …
改良型のCRISPR–Cas9によるゲノム編集ツールAFIDと変異パターンの予測について原著論文を紹介しました。 Shownotes Precise, predictable multi-nucleotide deletions in rice and wheat using APOBEC–Cas9, Nature Biotechnology 2020…今回はこの論文を紹介しました。APOBEC–Cas9 fusion-induced deletion systems (AFIDs)と呼ばれるゲノム編集技術です。 Non-homologous end joining (NMEJ)…Cas9で誘導される二本鎖DNA切断が修復される仕組みの一つ。 Researchat.fmで話した過去のCas9…
