72. The Hitchhiker's Guide to the Enzyme Galaxy

Researchat.fm

NEB社の巨大な製品カタログの楽しみ方、多様な制限酵素の世界とその巧妙な仕組みについて話しました。

• 第123回　ポッドキャストで語るサイエンスとその魅力(実験医学)
• NEB…日本語のNEBウェブサイト。NEBはNew England BioLabsの略でした(BioScienceではありませんでした。)大変申し訳ございませんでした。
• NEB Literature Portal…カタログのまとめページ。
• NEB Catalog & Technical Reference…これがNEBが誇る400ページ超のカタログ！
• Eric Lander (Wikipedia)
• DNA Structure and Classic experiments (Youtube)…Eric Landerの超おすすめなMITの授業動画。見よう！
• 制限酵素の基礎知識 (ThermoFisher)…とてもわかり易いのでぜひ。
• ファージ (Wikipedia)
• DNAトポイソメラーゼ (Wikipedia)
• ニック
• EcoRI…このエピソードで例として紹介しました。GAATTCという配列を認識して切断する。
• 回文配列(パリンドローム)
• DNA ligase…DNA断片同士を連結させることができる。
• Gibson Assembly…配列の相補性を利用して２つ以上のDNA断片を試験管内で連結する方法。Dan Gibson博士が作ったのでみながそう呼ぶようになった。彼が自分でつけたわけではない。
• DNAメチル化
• Talen…ゲノム編集法のうちの一つ。
• メタゲノム解析 (Online ISSN : 1881-6681)
• CasX enzymes comprise a distinct family of RNA-guided genome editors…地下水にすむバクテリアから単離されたCas-X
• オペロン (Wikipedia)
• IRES (Wikipedia)…Internal Ribosomal Entry Siteの略
• REBASE…制限酵素のデーターベース。
• IUPAC Codes - Bioinformatics.org…DNAの縮重塩基はこのように表現されます。
• 正規表現
• Homing endonuclease
• I-SceI…ホーミングエンドヌクレアーゼの一種でとても長い認識配列を持つ。
• I-SceI mouse model…ゲノム中にI−SceIサイトをもったマウスに対してI-SceIを発現させると二本鎖切断応答を誘導できる。この研究 (Nat. Comm 2016)など。
• Miné-Hattab and Rothstein, Nat Cell Biol. (2012)…I-SceIを誘導して染色体動態の変化を観察した名論文
• MmeI
• EcoP15I
• CAGE法…FANTOMの基幹技術。MmeIを用いたトリックが秀逸。
• DpnI (NEB)…メチル化されたDNAのみを切断する
• DamID (DNA adenine methyltransferase identification)
• RNA splint ligase (NEB)…“SplintR LigaseはRNA splint上のDNAをライゲーションする”
• NEB podcast
• Science podcast
• Nature podcast
• iBiology
• デヴィッド・リンチ
• Ten Simple Rules to Win a Nobel Prize
• マシュー・メセルソン
• ショ糖密度勾配法…初期分子生物学の重要技術。正直やったことがないです…
• DNAの半保存的複製
• ep7. In the golden age of molecular biology…メセルソン先生とmRNA発見の話についても触れています。
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Editorial notes

• 普段あまり考えずに使っていた制限酵素について、もともとの機能や精製方法を知りとても面白かった。みんなカタログを読もう！(soh)
• DNA修復はすでにノーベル賞が来ていますね。メセルソン先生の偉業の数々もいつかしっかりまとめて話したい。(tadasu)