96. My Second Journal Club Presentation

Researchat.fm

「遺伝暗号表の構造が環境中のリソースから影響受けており、コドンの使用頻度にも反映されている」という説の論文を読みました。

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• Resource conservation manifests in the genetic code. Science 2020…今回読んだ論文です。
• Resource conservation manifests in the genetic code. BioRxiv 2020…Scienceに出版される前にプレプリントサーバーにも原稿があるので、無料で読めます。出版されたバージョンとは図表・番号などが違うので注意。
• コドン (Wikipedia) … 今回の題材である、みんな大好き三文字のあいつ。今回コドンの詳しい説明は↓に丸投げしました。
• 37. Biological Enigma…dessanをゲストに迎え、分子細胞生物学の入門知識について話しました。タンパク質やコドンについて(dessanが）丁寧に話しています。
• 7. In the golden age of molecular biology… アミノ酸をコードするコドン発見に至る歴史を当時の論文と背景を交えて3人で話しました。
• Ep19. Neuron Musk…Elon MuskがオーナーをつとめるNeuralinkがはじめて詳細にその技術を公開した時期に（当時）、bioRxivに投稿された論文と発表イベントの内容、Brain Machine Interfaceを含む脳情報関連技術の動向について話しました。
• Ep50. My first journal club presentation…coela（たまき）が始めて紹介した論文。今回は2本目。
• ResearchatLT vol.1 (YouTube)…Researchat.fmのリスナーから有志で、ライトニングトーク大会をやりました。その配信アーカイブです。
• Researchat.fm Lightning Talk Vol.01 … ResearchatLTの要旨集を含む開催概要。
• Last universal common ancestor, LUCA (Wikipedia)
• 窒素固定 (Wikipedia)
• Sequence Homology (Wikipedia)… 今回取り上げたOrthologyの意味、混同しやすいParalogy・Ohnology・Xenology・Homoeology・Gametologyの違いについて。
• Single-nucleotide polymorphism (Wikipedia) … podcast中でSNP（スニップ）って言っているもの。日本語では一塩基多型。
• KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
• KEGG ORTHOLOGY
• EggNOG v5.0…“A database of orthology relationships, functional annotation, and gene evolutionary histories”
• 同義置換と非同義置換: 計算方法、意味、論文での示し方 … podcast中でなんの説明もなく「dN/dS」と言っていた内容の説明（ごめんなさい）。
• 正の自然選択圧・負の自然選択圧 … ここらへんは限られた文字数で要約するのが怖いので割愛！！↑のリンクでも説明があります。
• GLMM (Wikipedia)
• データ解析のための統計モデリング入門――一般化線形モデル・階層ベイズモデル・MCMC … GLMM(論文中ではLMM）の入門におすすめな書籍。
• GEO (Gene Expression Omnibus)…“GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Array- and sequence-based data are accepted.”
• Microarray (Wikipedia)
• アミノ酸 生合成経路
• 細胞の物理生物学 … coelaがはじめて、アミノ酸を合成するのに必要なエネルギー（ATP数）に関する記述をみかけた本。他にも様々な生命現象を取り上げている素晴らしい書籍。鈍器になるレベルで分厚い。
• BioNumbers … 直接は関係ないですが、今回議論された内容を調べるとっかかりとして便利とcoelaが思っているデータベース。

Editorial notes

• Researchat.fmは研究者3人が話すポッドキャストです！！(coela)
• また一年後にお願いします (soh)
• う、今回は反省の多い回でした。次回の論文回は最後まで聞いてから質問します(悪い癖が出ちまった…)(tadasu)