くりらじ静岡局から、技術屋目線で技術情報を追いかける番組をお届けします。
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コンテンツは researchat によって提供されます。エピソード、グラフィック、ポッドキャストの説明を含むすべてのポッドキャスト コンテンツは、researchat またはそのポッドキャスト プラットフォーム パートナーによって直接アップロードされ、提供されます。誰かがあなたの著作権で保護された作品をあなたの許可なく使用していると思われる場合は、ここで概説されているプロセスに従うことができますhttps://ja.player.fm/legal。
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96. My Second Journal Club Presentation
Manage episode 284447734 series 2526514
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「遺伝暗号表の構造が環境中のリソースから影響受けており、コドンの使用頻度にも反映されている」という説の論文を読みました。
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Show notes
- Resource conservation manifests in the genetic code. Science 2020…今回読んだ論文です。
- Resource conservation manifests in the genetic code. BioRxiv 2020…Scienceに出版される前にプレプリントサーバーにも原稿があるので、無料で読めます。出版されたバージョンとは図表・番号などが違うので注意。
- コドン (Wikipedia) … 今回の題材である、みんな大好き三文字のあいつ。今回コドンの詳しい説明は↓に丸投げしました。
- 37. Biological Enigma…dessanをゲストに迎え、分子細胞生物学の入門知識について話しました。タンパク質やコドンについて(dessanが)丁寧に話しています。
- 7. In the golden age of molecular biology… アミノ酸をコードするコドン発見に至る歴史を当時の論文と背景を交えて3人で話しました。
- Ep19. Neuron Musk…Elon MuskがオーナーをつとめるNeuralinkがはじめて詳細にその技術を公開した時期に(当時)、bioRxivに投稿された論文と発表イベントの内容、Brain Machine Interfaceを含む脳情報関連技術の動向について話しました。
- Ep50. My first journal club presentation…coela(たまき)が始めて紹介した論文。今回は2本目。
- ResearchatLT vol.1 (YouTube)…Researchat.fmのリスナーから有志で、ライトニングトーク大会をやりました。その配信アーカイブです。
- Researchat.fm Lightning Talk Vol.01 … ResearchatLTの要旨集を含む開催概要。
- Last universal common ancestor, LUCA (Wikipedia)
- 窒素固定 (Wikipedia)
- Sequence Homology (Wikipedia)… 今回取り上げたOrthologyの意味、混同しやすいParalogy・Ohnology・Xenology・Homoeology・Gametologyの違いについて。
- Single-nucleotide polymorphism (Wikipedia) … podcast中でSNP(スニップ)って言っているもの。日本語では一塩基多型。
- KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
- KEGG ORTHOLOGY
- EggNOG v5.0…“A database of orthology relationships, functional annotation, and gene evolutionary histories”
- 同義置換と非同義置換: 計算方法、意味、論文での示し方 … podcast中でなんの説明もなく「dN/dS」と言っていた内容の説明(ごめんなさい)。
- 正の自然選択圧・負の自然選択圧 … ここらへんは限られた文字数で要約するのが怖いので割愛!!↑のリンクでも説明があります。
- GLMM (Wikipedia)
- データ解析のための統計モデリング入門――一般化線形モデル・階層ベイズモデル・MCMC … GLMM(論文中ではLMM)の入門におすすめな書籍。
- GEO (Gene Expression Omnibus)…“GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Array- and sequence-based data are accepted.”
- Microarray (Wikipedia)
- アミノ酸 生合成経路
- 細胞の物理生物学 … coelaがはじめて、アミノ酸を合成するのに必要なエネルギー(ATP数)に関する記述をみかけた本。他にも様々な生命現象を取り上げている素晴らしい書籍。鈍器になるレベルで分厚い。
- BioNumbers … 直接は関係ないですが、今回議論された内容を調べるとっかかりとして便利とcoelaが思っているデータベース。
Editorial notes
- Researchat.fmは研究者3人が話すポッドキャストです!!(coela)
- また一年後にお願いします (soh)
- う、今回は反省の多い回でした。次回の論文回は最後まで聞いてから質問します(悪い癖が出ちまった…)(tadasu)
166 つのエピソード
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- Resource conservation manifests in the genetic code. Science 2020…今回読んだ論文です。
- Resource conservation manifests in the genetic code. BioRxiv 2020…Scienceに出版される前にプレプリントサーバーにも原稿があるので、無料で読めます。出版されたバージョンとは図表・番号などが違うので注意。
- コドン (Wikipedia) … 今回の題材である、みんな大好き三文字のあいつ。今回コドンの詳しい説明は↓に丸投げしました。
- 37. Biological Enigma…dessanをゲストに迎え、分子細胞生物学の入門知識について話しました。タンパク質やコドンについて(dessanが)丁寧に話しています。
- 7. In the golden age of molecular biology… アミノ酸をコードするコドン発見に至る歴史を当時の論文と背景を交えて3人で話しました。
- Ep19. Neuron Musk…Elon MuskがオーナーをつとめるNeuralinkがはじめて詳細にその技術を公開した時期に(当時)、bioRxivに投稿された論文と発表イベントの内容、Brain Machine Interfaceを含む脳情報関連技術の動向について話しました。
- Ep50. My first journal club presentation…coela(たまき)が始めて紹介した論文。今回は2本目。
- ResearchatLT vol.1 (YouTube)…Researchat.fmのリスナーから有志で、ライトニングトーク大会をやりました。その配信アーカイブです。
- Researchat.fm Lightning Talk Vol.01 … ResearchatLTの要旨集を含む開催概要。
- Last universal common ancestor, LUCA (Wikipedia)
- 窒素固定 (Wikipedia)
- Sequence Homology (Wikipedia)… 今回取り上げたOrthologyの意味、混同しやすいParalogy・Ohnology・Xenology・Homoeology・Gametologyの違いについて。
- Single-nucleotide polymorphism (Wikipedia) … podcast中でSNP(スニップ)って言っているもの。日本語では一塩基多型。
- KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
- KEGG ORTHOLOGY
- EggNOG v5.0…“A database of orthology relationships, functional annotation, and gene evolutionary histories”
- 同義置換と非同義置換: 計算方法、意味、論文での示し方 … podcast中でなんの説明もなく「dN/dS」と言っていた内容の説明(ごめんなさい)。
- 正の自然選択圧・負の自然選択圧 … ここらへんは限られた文字数で要約するのが怖いので割愛!!↑のリンクでも説明があります。
- GLMM (Wikipedia)
- データ解析のための統計モデリング入門――一般化線形モデル・階層ベイズモデル・MCMC … GLMM(論文中ではLMM)の入門におすすめな書籍。
- GEO (Gene Expression Omnibus)…“GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Array- and sequence-based data are accepted.”
- Microarray (Wikipedia)
- アミノ酸 生合成経路
- 細胞の物理生物学 … coelaがはじめて、アミノ酸を合成するのに必要なエネルギー(ATP数)に関する記述をみかけた本。他にも様々な生命現象を取り上げている素晴らしい書籍。鈍器になるレベルで分厚い。
- BioNumbers … 直接は関係ないですが、今回議論された内容を調べるとっかかりとして便利とcoelaが思っているデータベース。
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- また一年後にお願いします (soh)
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