22. Evolutionary selected life

Researchat.fm

CRISPR-Cas9を用いた一塩基ゲノム編集技術の開発、タンパク質の人工進化、研究開発におけるリスクテイク、フィットネス系のYoutuberについて話しました。

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• Targeted nucleotide editing using hybrid prokaryotic and vertebrate adaptive immune systems. Science 2016…Target-AID法ではヤツメウナギ由来のCDA1を利用し、C-to-T塩基編集技術が実現された。
• Programmable editing of a target base in genomic DNA without double-stranded DNA cleavage. Nature 2016…Target-AID法と同時期にDavid LiuらBroad研究所のチームは、ラット由来のAPOBEC1を使用したC-to-T塩基編集技術を報告した。
• Programmable base editing of A•T to G•C in genomic DNA without DNA cleavage. Nature 2017…大腸菌のTadAタンパク質を人工的に進化させ、AからGへのDNA塩基編集酵素を作成したオリジナル論文。自然界には存在しないタンパク質を作出することはプロジェクト上、非常に大きなリスクを伴うものであった。
• フラスコ内でタンパクが連続的に進化する, PACE法 (Chem-Station)
• 指向性進化法 Directed Evolution. (Chem-Station)
• Increasing the genome-targeting scope and precision of base editing with engineered Cas9-cytidine deaminase fusions. Nature Biotechnology 2017…野生型のrAPOBECに3アミノ酸の変異を導入することにより、2bp程度の非常に狭い範囲のCをTに変換する酵素 BE3-YEEが開発された。
• Ep. 10: Alexis Komor & Nicole Gaudelli, base editing’s tenacious duo. GuidePost…BE3とABEをそれぞれ開発した1st authorであるAlexis KomorとNicole Gaudelliが当時の開発の裏側、興奮、論文の受理プロセスなどを生き生きと話しているGuidePostのエピソード。おすすめです。
• アジャイルソフトウェア開発 (Wikipedia)
• A single CRISPR base editor to induce simultaneous C-to-T and A-to-G mutations. bioRxiv 2019…sohらは2種のdeaminaseを一つのnCas9タンパク質に融合させた新しい一塩基ゲノム編集技術Target-ACEを開発し、C-to-TとA-to-Gの高効率な同時塩基編集を実現、その成果をプレプリントサーバーに公開した。興味がある方はぜひご一読を！
• A cytosine deaminase for programmable single-base RNA editing. Science 2019
• マッスルグリル: 沼…シャイニー薊さんのチャンネル、マッスルグリルで紹介された減量食「沼」。カーボを摂取するのが特徴。
• マッスルグリル: マグマ…減量食第二弾「マグマ」
• シャイニー薊という男…リアル刃牙の薊さん、かっこよすぎます！
• バルクアカデミー…北村克哉さんのYouTubeチャンネル
• 北村克哉…レスリング->プロレス->ボディビルという異色の経歴を持つ。

Editorial notes

• いつも長く話し過ぎちゃうので今回はコンパクトに、超最新のCRISPR関連のネタを盛り込みました。(soh)
• コンパクトでとても勉強になる回だった。沼とマグマで体を作っていきたい。(tadasu)