17. Ghost in the half-shell

Researchat.fm

カルビーの新ジャガイモ・ぽろしりの凄さ、個体サイズと染色体数・細胞数の関係性、バオバブバー閉店、世界の武器、象、ゲーム開発や研究における職人技について話しました。

Show notes

• ぽろしり…品種改良によって新しく誕生したぽろしりについて
• ぽろしりの開発…カルビーにおける馬鈴薯の開発について
• 倍数体…染色体数の倍数性を持つ個体のこと。2nより大きい3n, 4n, 6n, 8n, 12nなどの染色体数をもつ倍数体のことを多倍体と一般的に呼ぶ
• Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome…小麦ゲノムの解読に関するサイエンスの論文
• トランスポゾン
• 動く遺伝因子とトウモロコシ　～深ーい研究の歴史と現在～
• POLYPLOIDY IN THE SALAMANDER, EURYCEA BISLINEATA …Fankhauserによるサラマンダーの実験 (1939年)
• コモドオオトカゲ
• Nucleus-to-cytoplasm ratio
• Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis…アフリカツメガエルのゲノム解読に関する論文
• Xenopus ruwenzoriensis…ウガンダツメガエル。脅威のdodecaploidy(12n、十二倍体)の染色体を持つ。染色体数の記述としては2n=108。
• The fate of duplicated immunity genes in the dodecaploid Xenopus ruwenzoriensis.…貴重な写真付き。ウガンダツメガエル(2n=108)と他のアフリカツメガエルの比較あり。Xenopus tropicalis(二倍体, 2n = 20)とは近い大きさ。Xenopus laevis (異質四倍体, 2n = 36)の方が大きい。ただ、ポッドキャスト内で話したようにおたまじゃくしの大きさを比較した方が、発生生物学的には意味がある(成体はどんどん成長してしまうので)。
• 異質倍数体… 2種類以上のゲノムで構成されている倍数体。
• パラケルスス…鋼の錬金術師の主人公のファミリーネーム「ホーエンハイム」もパラケルススが元ネタだったりします。
• クセノフィオフォラ…体長数mmから数十cmの巨大な単細胞の原生動物
• バオバブにあるバー…南アフリカ共和国に存在する樹齢6000年のバオバブに作られたバー。通称Pub tree。この記事では樹齢6000年のバオバブにつくられたバーとなっている。
• Sunland Baobab: サンランドバオバブ…このバーが存在していたバオバブの木。現在、既に木は大破してしまい、このバーは存在していない。2016年と2017年に大破してしまったらしい。
• Age determination of large live trees with inner cavities: radiocarbon dating of Platland tree, a giant African baobab…サンランドバオバブの年齢を放射年代測定によって推定した論文。1060歳+-75歳とされている。
• マスターキートン: 砂漠のカーリマン(Amazon)
• 「砂漠ではスーツがいい」は本当か
• トマホーク (Wikipedia)
• Harvard Museum of Natural History
• Peabody Museum of Archaeology and Ethnology
• ハルバード (Wikipedia)
• ショーテル (Wikipedia)
• DARK SOULS (Wikipedia)
• カンナエの戦い(包囲殲滅戦) (Wikipedia)
• ハンニバル (Wikipedia)
• ヌミディア (Wikipedia)
• スキピオ (Wikipedia)
• マケドニア (Wikipedia)
• カルタゴ (Wikipedia)
• ザマの戦い (Wikipedia)
• 戦象 (Wikipedia)
• チャトランガ (Wikipedia)
• シャンチー (Wikipedia)
• ナーシャ・ジベリ (Wikipedia)… FFシリーズや聖剣伝説に携わった天才プログラマ。ポッドキャスト内ではレストランを経営しているといったが明確なソースはなく、現在の活動は不明。
• ナーシャ・ジベリの偉業
• FF3の飛空挺
• Final Fantasy
• トルネコの大冒険 (Wikipedia)
• 「不思議のダンジョン」の絶妙なゲームバランスは、たった一枚のエクセルから生み出されている！？
• Transfer-messenger RNA, tRNA (Wikipedia)
• BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)…相同なDNA塩基を検索するためのツール。バイオインフォマティクスにとっては最も重要なツールである。
• 目BLAST…職人芸。研究者の一部には、DNAを配列同士を見比べるだけで相同検索ができる(といわれている都市伝説的な、もしくは見栄を張って自称している)人たちがいる。共感覚との関係性に興味がある。転じて、文章の相同性を目で検索する時にも使われる(レポートのコピペなど)。
• RNAの二次構造…RNAやDNAは相補的な塩基同士によって特徴的な二次構造を取る。
• Dot-bracket format…RNAの二次構造の表現方法の一つ。podcast中ではちゃんと答えられませんでしたが拡張版のExtended Dot-braketを使えばpseudo-knotなども表現可能です。他にもStockholm formatなど、いろいろあります。
• Dot-braket formatの例…大腸菌のAla-tRNAの例。tRNAはわかりやすいので訓練におすすめです。例えば右のような感じ： (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
• RNA fold…RNA二次構造の予測ソフトウェアの一つ。Webから利用できる。
• SPY×FAMILY

Editorial notes

• 台本のないゆるふわトークでも案外みんなの引き出しが多くていけるものですな (soh)
• エンジニアが投げてくるのはマサカリだった気もしますが、トマホークの方が投げやすそうなのでセーフということで！(coela)
• 私の体の脂肪は、4倍体になったから大きくなったわけではありません (tadasu)