59. Sequencing RNA proximity

Researchat.fm

RNA分子の空間的な近接性を計測するRIC-seqという手法について、原著論文を紹介しました。

Shownotes

• RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions. Nature 2020…今回紹介したRIC-seqの原著論文へのリンク。
• 核酸の二次構造 (Wikipedia)
• RNA結合タンパク質 MBLライフサイエンス
• ノンコーディングRNA動態解明の最前線 (pdf)
• Micrococcal Nuclease, NMase (NEB)
• Ep16, Researchat.fm…エピソード16では分子の近接性から空間構造を再構成するさまざまな方法について解説しています。
• Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome. Science 2009…Hi-C法のオリジナル論文。
• 平成29年度 NGSハンズオン講習会 Hi-C解析…Hi-Cのデータ解析についてはこの資料がよくまとまっている。
• RNA Duplex Map in Living Cells Reveals Higher-Order Transcriptome Structure. Cell 2016…RIC-seq論文のなかで類似手法として比較されたPARISという方法の原著論文。
• クライオ電子顕微鏡について
• AUC/ROC曲線 (三重大 奥村先生)
• 疾患におけるA-to-I RNA編集酵素ADAR1の役割 (生化学 2016年)…RNA編集についての詳しくてわかり易い日本語解説論文。
• RNA Conformation Capture by Proximity Ligation. Annual Review of Genomics and Human Genetics 2020.

Editorial notes

• 技術もさることながらその論文のストーリーがとてもよかった (soh)
• PUBG-seqとか出てこないかな (coela)
• Hi-Cはproximityをベースにはしているはずなのですが、実際の距離はわからないので、オリジナル論文に従ってcontact probabilityというべきだったなと思っております。ただcontactとは？？？ (tadasu)